Des chercheurs japonais ont estimé que la souche variante B.1.1.7 du coronavirus 2 du syndrome respiratoire aigu sévère (SRAS-CoV-2) qui a récemment émergé en Angleterre est 40% plus transmissible que les souches qui circulaient auparavant dans le pays.
Le virus SRAS-CoV-2 est l’agent responsable de la pandémie de maladie à coronavirus 2019 (COVID-19) qui continue de poser une menace importante pour la santé publique mondiale et a maintenant fait plus de 2,68 millions de morts dans le monde.
Les chercheurs affirment que la transmissibilité supérieure estimée de 40% de B.1.1.7 suggère que les mesures mises en œuvre pour contrôler cette souche doivent être renforcées de 40%, par rapport à celles utilisées pour contrôler les souches précédemment en circulation.
Pour que les effets de contrôle équivalents soient atteints, les taux de contact entre les individus devraient être inférieurs à 0,71 des taux obtenus à l’aide des mesures précédentes.
Chayada Piantham et Kimihito Ito de l’Université de Hokkaido préviennent que l’avantage de transmissibilité d’autres souches récemment émergées telles que celles identifiées au Brésil et dans le sud d’Arica doit également être estimé de toute urgence.
Une version pré-imprimée du document de recherche est disponible sur le medRxiv* serveur, tandis que l’article est soumis à un examen par les pairs.
Nombre de séquences en Angleterre du 1er septembre 2020 au 19 février 2021. Les séquences nucléotidiques ont été extraites du GISAID le 1er mars 2020.
Sommaire
Que sait-on jusqu’à présent de la lignée B.1.1.7?
Depuis le début de l’épidémie de COVID-19 à Wuhan, en Chine, fin décembre 2019, la propagation et l’évolution rapides de l’agent causal SARS-CoV-2 ont conduit à l’émergence de nouvelles variantes qui présentent un avantage de transmission par rapport à la souche d’origine.
En décembre 2020, Public Health England a identifié un nouveau cluster de virus appartenant à la lignée B.1.1.7, que l’Organisation mondiale de la Santé a qualifié de «Variant of Concern» en raison de sa transmissibilité accrue, par rapport aux souches qui circulaient auparavant en Angleterre.
Depuis que la lignée a été identifiée pour la première fois dans le pays en septembre 2020, le nombre d’infections par cette nouvelle souche a rapidement augmenté en octobre et novembre. En février 2021, les virus B.1.1.7 représentaient 95% de toutes les souches de SRAS-CoV-2 circulant en Angleterre.
Des études antérieures supposaient que le nombre de reproducteurs est constant dans le temps
Plusieurs études ont comparé le nombre de reproduction (R; nombre d’infections secondaires résultant d’une seule infection) de la lignée B.1.1.7 à celle des souches circulant auparavant en Angleterre.
Une étude a estimé que le R nombre de la souche B.1.1.7 est entre 83 et 118% plus élevé que celui des souches précédentes, tandis qu’une autre étude a estimé qu’il était entre 40 et 75% plus élevé.
Les méthodes utilisées dans ces études ont estimé l’augmentation de la transmissibilité sous l’hypothèse que R est constante dans le temps pendant la période d’analyse cible.
Cependant, depuis que la transmissibilité accrue de la lignée B.1.1.7 a été reconnue, des mesures de contrôle strictes, y compris le verrouillage, ont été imposées en Angleterre.
«Ainsi, la constante R L’hypothèse est discutable lors de l’analyse de l’augmentation du nombre de reproduction de B.1.1.7 par rapport à celle des souches précédemment en circulation », disent Piantham et Ito.
Qu’ont fait les chercheurs?
L’équipe a estimé l’avantage sélectif de la lignée B.1.1.7 par rapport aux souches précédentes en utilisant l’évolution temporelle de la fraction de virus B.1.1.7 identifiée en Angleterre.
Basée sur la méthode de Wallinga-Teunis pour estimer les nombres de reproduction instantanée, l’approche a permis au nombre de reproduction de changer au cours de la période d’analyse cible.
L’approche était également basée sur un modèle de Maynard Smith, qui suppose que l’avantage sélectif d’une souche mutante sur les souches précédemment en circulation est constant dans le temps.
Les chercheurs ont téléchargé des données de séquence nucléotidique sur les virus SARS-CoV-2 détectés en Angleterre à partir de la base de données EpiCoV GISAID (Global Initiative on Sharing Avian Influenza Data) sur 1st Mars 2021.
L’équipe a ensuite appliqué la nouvelle méthode pour estimer le nombre de reproduction instantané des souches B.1.1.7, par rapport à celui des souches précédemment en circulation.
Qu’ont-ils trouvé?
Les chercheurs ont estimé que l’avantage sélectif des souches B.1.1.7 par rapport aux souches non B.1.1.7 était de 0,40, indiquant que le nombre de reproduction instantanée de la lignée B.1.1.7 est 40% plus élevé que celui des souches précédentes. .
Cela suggère que les mesures de contrôle utilisées pour contenir la lignée B.1.1.7 doivent être renforcées de 40%, par rapport à celles utilisées pour contrôler les souches précédentes, explique l’équipe.
Pour que l’effet de contrôle équivalent soit atteint, les taux de contact entre les individus devraient être limités à moins de 0,71 des taux obtenus avec les mesures précédemment utilisées.
L’avantage sélectif des nouvelles souches dans d’autres pays doit également être évalué
L’équipe souligne qu’à partir du 17e En mars 2021, la lignée B.1.1.7 a été détectée dans 93 pays.
« L’avantage sélectif des souches B.1.1.7 par rapport aux souches précédemment en circulation dans d’autres pays reste à être notre futur travail », disent les chercheurs.
En outre, Piantham et Ito soulignent que les variants identifiés au Brésil et en Afrique du Sud présentent également une transmissibilité plus élevée que les souches précédentes.
«Il est également urgent d’estimer l’avantage sélectif de ces souches», concluent-ils.
*Avis important
medRxiv publie des rapports scientifiques préliminaires qui ne sont pas évalués par des pairs et, par conséquent, ne doivent pas être considérés comme concluants, orienter la pratique clinique / les comportements liés à la santé ou être traités comme des informations établies.