Selon une nouvelle étude publiée récemment dans Biologie du génome.
Connue sous le nom de My Personal Mutanome (MPM), la plate-forme propose une base de données interactive qui donne un aperçu du rôle des mutations associées à la maladie dans le cancer et hiérarchise les mutations susceptibles de répondre aux traitements médicamenteux.
Bien que les progrès de la technologie de séquençage aient fourni une mine de données génomiques sur le cancer, les capacités de combler le fossé traductionnel entre les études génomiques à grande échelle et la prise de décision clinique faisaient défaut. Le MPM est un outil puissant qui aidera à l’identification de nouvelles mutations / gènes fonctionnels, de cibles médicamenteuses et de biomarqueurs pour le cancer, accélérant ainsi les progrès vers la médecine de précision contre le cancer. «
Feixiong Cheng, PhD, Study Lead AUtahhor et personnel adjoint, Institut de médecine génomique, Clinique de Cleveland
À l’aide de données cliniques, les chercheurs ont intégré près de 500 000 mutations provenant de plus de 10 800 exomes tumoraux (la partie codant pour les protéines du génome) dans 33 types de cancer pour développer la base de données complète des mutations cancéreuses. Ils ont ensuite systématiquement cartographié les mutations à plus de 94 500 interactions protéine-protéine (IPP) et plus de 311 000 sites protéiques fonctionnels (où les protéines se lient physiquement les unes aux autres) et ont incorporé des données sur la survie des patients et la réponse aux médicaments.
La plate-forme analyse les relations entre les mutations génétiques, les protéines, les IPP, les sites fonctionnels protéiques et les médicaments pour aider les utilisateurs à rechercher facilement des mutations cliniquement exploitables. La base de données MPM comprend trois outils de visualisation interactifs qui fournissent des vues bidimensionnelles et tridimensionnelles des mutations associées à la maladie et de leur survie et réponses médicamenteuses associées.
Les résultats d’une autre étude publiée dans Génétique de la nature, une collaboration entre Cleveland Clinic et plusieurs autres institutions, a motivé l’équipe à développer la plateforme.
Des études antérieures ont lié la pathogenèse et la progression de la maladie à des mutations / variations qui perturbent l’interactome humain, le réseau complexe de protéines et d’IPP qui influencent la fonction cellulaire. Les mutations peuvent perturber le réseau en modifiant la fonction normale d’une protéine (effet nodétique) ou en modifiant les IPP (effet edgetic).
Notamment, dans le Génétique de la nature , menée par le Brigham & Women’s Hospital et la Harvard Medical School, les chercheurs ont découvert que les mutations associées à la maladie étaient très enrichies là où les IPP se produisaient. Ils ont également démontré que les mutations modifiant l’IPP étaient significativement corrélées à la sensibilité ou à la résistance aux médicaments ainsi qu’à un faible taux de survie chez les patients cancéreux.
Collectivement, le MPM permet une meilleure compréhension des mutations au niveau du réseau d’interactomes humains, ce qui peut conduire à de nouvelles connaissances sur la génomique et les traitements du cancer et finalement aider à atteindre l’objectif de soins personnalisés pour le cancer. L’équipe mettra à jour MPM chaque année pour fournir aux chercheurs et aux médecins les données les plus complètes disponibles.
« Notre Génétique de la nature L’étude démontre également les effets de mutations / variations dans d’autres maladies », a ajouté le Dr Cheng.« Dans la prochaine étape, nous développons de nouveaux algorithmes d’intelligence artificielle pour traduire ces découvertes de médecine génomique en identification de cibles médicamenteuses éclairées par le génome humain et en médicament de médecine de précision découverte pour d’autres maladies complexes, y compris les maladies cardiaques et la maladie d’Alzheimer. «