La pandémie de COVID-19 a fait plus de 2,5 millions de cas confirmés dans le monde et près de 170 000 décès au 21 avril selon l'Organisation mondiale de la santé. L'identification précoce des patients potentiels et le diagnostic suivi de l'isolement sont essentiels pour contrôler la pandémie actuelle et aplanir la courbe. Cette étude décrit une nouvelle méthode qui pourrait permettre aux installations décentralisées de fournir des services de test plus rapides pour COVID-19 à plus de personnes, rapporte le Journal of Molecular Diagnostics, publié par Elsevier.
Les tests de diagnostic pour le SRAS-CoV-2, l'agent pathogène viral causal de COVID-19, sont essentiels pour détecter le virus, comprendre son épidémiologie, informer la gestion des cas et supprimer la transmission. Le diagnostic repose actuellement principalement sur des méthodes impliquant la RT-qPCR (PCR quantitative à transcription inverse), mais leur capacité est limitée par la disponibilité d'installations et d'instruments de haut niveau.
Chercheur principal Jin-Soo Maeng, Ph.D., Center for Convergent Research of Emerging Virus Infection, Korea Research Institute of Chemical Technology, Daejeon, and Research Group of Food Processing, Korea Food Research Institute, Wanju-gun, République de Corée, et ses collègues ont développé et évalué des tests RT-LAMP (amplification isotherme médiée par boucle de transcription inverse) pour détecter l'ARN génomique (acide ribonucléique) du SARS-CoV-2. RT-LAMP est une méthode d'amplification d'acide nucléique en une étape qui est utilisée dans le diagnostic des maladies infectieuses causées par des bactéries ou des virus.
Les chercheurs ont d'abord conçu des ensembles d'amorces LAMP ciblant les régions génomiques spécifiques du SRAS-CoV-2 par rapport à d'autres coronavirus pathogènes humains. Grâce à un dépistage ultérieur de la sensibilité et du temps de réaction, ils ont trouvé deux ensembles d'amorces LAMP prometteurs. Ils ont ensuite optimisé les réactions RT-LAMP pour chacun des deux ensembles et évalué la limite de détection et la spécificité à d'autres coronavirus.
Les tests RT-LAMP de cette étude ont pu détecter jusqu'à 100 copies d'ARN du SARS-CoV-2. La réactivité croisée des tests RT-LAMP avec d'autres coronavirus humains n'a pas été observée. Les jeux d'amorces ont été utilisés comme point de départ et couplés à une détection colorimétrique violet cristal, ce qui peut augmenter le débit de test. La réaction peut être effectuée et interprétée avec un instrument très simple tel qu'un four de séchage ou un bain-marie. Les performances des tests peuvent être encore modifiées en adoptant d'autres méthodes de détection et en utilisant d'autres systèmes enzymatiques.
« Les tests d'amplification des acides nucléiques isothermes tels que RT-LAMP ont le potentiel d'être utilisés au point de service avec une sensibilité comparable à celle des tests RT-qPCR actuels », a noté le Dr Maeng. « Bien que l'extraction appropriée de l'ARN échantillon soit encore nécessaire, notre méthode RT-LAMP a le potentiel d'être exécutée dans des installations de test décentralisées pour fournir des services de test plus rapides à plus de personnes. »
Bien que RT-qPCR soit l'étalon-or pour la détection des agents pathogènes en raison de leur haute sensibilité et spécificité, il y a encore quelques mises en garde. Des laboratoires d'essais centralisés, dotés d'installations telles qu'un approvisionnement fiable en électricité, des instruments coûteux et du personnel qualifié, sont nécessaires pour effectuer correctement les essais RT-qPCR. Idéalement, les tests de dépistage doivent être non seulement sensibles, mais aussi simples et rapides pour pouvoir être effectués au point de service. L'objectif principal de nos recherches était d'identifier une méthode à fort potentiel diagnostique pouvant fonctionner dans des installations décentralisées. «
Jin-Soo Maeng, Ph.D., enquêteur principal
RT-qPCR mesure la quantité d'un ARN spécifique, une molécule polymère essentielle dans divers rôles biologiques dans le codage, le décodage, la régulation et l'expression des gènes. D'autres tests moléculaires qui détectent le pathogène sont également en cours de développement.
La source:
Référence de la revue:
Park, G., et al. (2020) Développement de tests d'amplification isotherme à boucle de transcription inverse Q2 Q1 ciblant SARS-CoV-2. Journal of Molecular Diagnostics. doi.org/10.1016/j.jmoldx.2020.03.006.