Une nouvelle analyse montre que les mutations du SRAS-CoV-2 persistent rarement dans les transmissions ultérieures

Une analyse de la diversité du génome du SRAS-CoV-2 chez plus de 1000 personnes au Royaume-Uni suggère que si des mutations virales surviennent, elles peuvent être transmises dans certains cas, mais elles persistent rarement dans les transmissions ultérieures.

«Nos observations indiquent que l’émergence au sein de l’hôte de mutations d’évasion vaccinale et thérapeutique est susceptible d’être relativement rare», affirment les auteurs, «au moins pendant l’infection précoce lorsque les charges virales sont élevées. Cependant, comme des mutations qui peuvent échapper à des thérapies comme les anticorps ont été identifiées, y compris dans des échantillons à charge virale plus élevée, les auteurs encouragent une surveillance et une vigilance continues, d’autant plus que les vaccins et les thérapies qui font «pression» sur les virus pour qu’ils s’adaptent sont déployés plus largement. La plupart des analyses des mutations du SRAS-CoV-2 à ce jour se sont concentrées sur les mutations observées chez les individus qui représentent les variantes dominantes.

Cependant, de nouvelles mutations émergent également chez les individus infectés, et la connaissance de la diversité sous-jacente complète des virus chez les hôtes humains – à quelle fréquence ils émergent et s’ils sont transmis – est importante pour comprendre l’adaptation virale et les schémas de propagation. Pour mieux caractériser la diversité chez des hôtes humains uniques, Katrina Lythgoe et ses collègues ont utilisé une approche de séquençage d’ARN pour analyser 1390 génomes du SRAS-CoV-2 à partir de 1313 écouvillons nasopharyngés prélevés principalement sur des patients symptomatiques au Royaume-Uni qui étaient tombés malades entre mars et juin 2020 (le première vague mondiale d’infection).

Les auteurs n’ont observé qu’une ou deux variantes chez la plupart des individus, mais quelques patients portaient de nombreuses variantes. La plupart d’entre eux ont été perdus au moment de la transmission, bien qu’un petit nombre d’entre eux ait déclenché une transmission continue et une diffusion plus large. De plus, il y a eu très peu de cas de transmission de virus entre les ménages dans les génomes étudiés. Ces résultats suggèrent qu’au cours de l’infection précoce, les mutations qui peuvent augmenter les chances du virus d’échapper aux thérapies émergent et se transmettent rarement.

Malgré cela, les auteurs ont identifié des variantes qui peuvent donner un avantage au virus, y compris dans les échantillons à forte charge virale. Cela indique que les variantes naturelles auraient la possibilité de se propager à mesure que la pression de sélection de la population due au déploiement du vaccin augmente. Les résultats soulignent la nécessité d’une surveillance continue, disent-ils.