Alors que la pandémie de maladie à coronavirus 2019 (COVID-19), causée par le coronavirus 2 du syndrome respiratoire aigu sévère (SRAS-CoV-2), continue de faire des ravages sur la vie et l’activité humaines, de nouvelles mutations et variantes sont apparues dans différentes populations et Régions. Alors que les scientifiques s’efforcent de suivre le rythme de ces nouvelles souches, l’énorme valeur du séquençage génomique de l’ARN viral et du partage de ces données au niveau international devient évidente.
Une nouvelle étude décrit récemment le résultat de ces efforts de séquençage au Japon comme un outil important pour contenir la propagation de l’infection. Les chercheurs ont utilisé le séquençage du génome entier d’échantillons de patients atteints de COVID-19 pour identifier un nouveau clade qui semblait avoir été importé, plutôt que de se propager à partir des cas déjà existants dans la communauté.
La nécessité d’une surveillance génomique moléculaire
La lutte contre les infections exige que les cas survenant pendant la même courte période dans un hôpital soient distingués comme étant d’origine nosocomiale ou issus de la communauté. Dans le premier cas, il devient nécessaire de retracer les contacts à la fois des patients hospitalisés et des agents de santé, ce qui n’est pas toujours essentiel dans le cadre communautaire.
Deuxièmement, la direction dans laquelle le virus s’adapte et change dans une région ou un pays donné est également signalée par l’ensemble des séquences génomiques obtenues à partir de patients COVID-19 dans plusieurs hôpitaux. Des ensembles de données tels que le système de surveillance national utilisé au Royaume-Uni ont révélé que pendant la période de forte mobilité nationale et internationale, plus d’un millier de lignées virales se propagent librement dans la population.
Récemment, ce système a identifié rapidement deux variantes préoccupantes (COV), les variantes britannique et sud-africaine – 501Y.V1 (B.1.1.7) et 501Y.V2 (B.1.351), respectivement. Ceux-ci se sont avérés avoir une plus grande infectivité et une plus grande transmissibilité en raison de la gamme de mutations trouvées dans chacun d’eux.
Deux lignées dominantes au Japon
Au Japon, huit laboratoires sont engagés dans le séquençage du génome entier du virus, téléchargeant les nouvelles séquences dans la base de données publique de l’Initiative mondiale pour le partage de toutes les données sur la grippe. Cependant, la date de collecte ou l’origine régionale de nombreux échantillons séquencés au Japon est manquante.
L’étude actuelle se concentre sur le résumé de la lignée des données de séquençage de 13 hôpitaux de la région de Kanto au Japon, y compris 198 spécimens. Les chercheurs montrent que la plupart des souches appartiennent à deux lignées étroitement liées, à savoir B.1.1.284 et B.1.1.214.
Cela contraste avec d’autres pays, comme le Royaume-Uni, déjà cité ci-dessus, avec plus de 1000 lignées du virus. Le nombre très limité de lignées semble indiquer la capacité du système de quarantaine strict du Japon à empêcher de nouvelles lignées d’autres pays. Les chercheurs recommandent que ce système continue d’être appliqué, car des souches plus virulentes et hautement infectieuses sont apparues au Royaume-Uni et en Afrique du Sud.
Sur les 198 souches, 96% provenaient du clade 20B, qui comprenait 52% de la lignée B.1.1.284, et 32% classées dans la lignée B.1.1.214. Ces deux lignées ont six différences de nucléotides et constituent plus de 4 000 et 1 000 des plus de 9 900 séquences du Japon sur GISAID.
Ces lignées sont exclusives au Japon, pour la plupart, avec seulement huit et trois échantillons de B.1.1.284 et B.1.214, respectivement, ayant été séquencés à partir d’autres parties du monde. Quelques autres lignées de clade 20B ont également été trouvées au Japon.
Cas unique d’infection du clade 20C
Curieusement, cependant, un seul patient avec une infection nosocomiale au COVID-19 s’est avéré héberger une souche appartenant à la lignée B.1.346, appartenant au clade 20C. Les chercheurs ont trouvé 159 séquences appartenant à cette lignée dans la base de données GISAID, la plupart provenant de l’ouest des États-Unis.
Les données disponibles montrent que le clade 20C a été vu pour la dernière fois au Japon en mars et mai 2020, puis s’estompe par la suite, sauf chez les individus en quarantaine. Cela semble être le résultat d’importations non détectées de l’infection à la frontière entre les deux pays, évitant ainsi la stricte barrière de quarantaine.
Cette souche avait 18 mutations nucléotidiques de la séquence originale de Wuhan SARS-CoV-2. Cependant, il ne semble pas être associé à une altération de la transmissibilité ou à une virulence accrue.
Quelles sont les implications?
Les chercheurs concluent que la surveillance génomique est essentielle pour détecter les violations de la politique de quarantaine. En raison du nombre étonnamment faible de lignées circulant au Japon, contrairement à presque tous les autres pays du monde, il peut être relativement facile de prendre une souche étrangère près du point d’introduction.
Deuxièmement, même si une telle introduction se produit, l’identification de la région ou du pays d’origine de la souche importée devrait être facile en comparant les séquences génomiques et les mutations.
Les chercheurs soulignent également la valeur des efforts de séquençage décentralisés avec partage commun des données moléculaires, en plus du système de surveillance national unique comprenant l’Institut national des maladies infectieuses de Tokyo et les centres de santé publique et les instituts de santé publique.
L’avantage du premier est sa capacité à identifier et à suivre les nouvelles tendances dès qu’elles sont détectées, avec des politiques nationales appropriées répondant aux violations de quarantaine ou contenant des zones où des COV sont détectés, par exemple.
