Un portail de données interactif basé sur le cloud donne accès à un trésor de données sur les tumeurs solides pédiatriques

Un portail de données innovant et interactif basé sur le cloud a fait ses débuts cette semaine qui permet aux chercheurs universitaires d'exploiter la collection de ressources scientifiques la plus vaste et la plus complète au monde pour étudier les tumeurs solides pédiatriques et leur biologie connexe. Le portail de données Childhood Solid Tumor Network (CSTN) sur St.Jude Cloud a été créé pour améliorer l'accès aux données détaillées disponibles via le réseau, stimulant la recherche et le développement de nouvelles thérapies vitales.

Le CSTN comprend des données de grande envergure sur 170 échantillons provenant de patients représentant 21 tumeurs solides infantiles différentes, y compris le neuroblastome, le rhabdomyosarcome et les tumeurs rares. Les échantillons sont des xénogreffes dérivées de patients orthotopiques, ce qui signifie que les échantillons de tumeurs humaines sont implantés et cultivés à l'emplacement correspondant chez la souris.

Le CSTN comprend des données de grande envergure sur 170 échantillons provenant de patients représentant 21 tumeurs solides infantiles différentes, y compris le neuroblastome, le rhabdomyosarcome et les tumeurs rares. Les échantillons sont des xénogreffes dérivées de patients orthotopiques, ce qui signifie que les échantillons de tumeurs humaines sont implantés et cultivés à l'emplacement correspondant chez la souris.

Les échantillons de tumeurs et les données connexes sont partagés avec des chercheurs universitaires sans frais et sans obligation de collaborer. Michael Dyer, Ph.D., président du département de neurobiologie du développement de St. Jude, et Alberto Pappo, M.D., du département d'oncologie de St. Jude, ont lancé le réseau en 2013. L'objectif était d'accélérer les découvertes dans le domaine. « Il n'y avait eu aucune amélioration significative des résultats pour les enfants atteints de tumeurs solides au cours des trois dernières décennies », a déclaré Dyer, qui est un enquêteur de l'Institut médical Howard Hughes. Les tumeurs solides pédiatriques sont des tumeurs développementales. Pour comprendre comment la tumeur commence, se développe et se propage, elles doivent être étudiées dans l'environnement dans lequel elles se développent.

À mesure que l'intérêt pour le réseau augmentait, nous avons réalisé que les scientifiques devaient approfondir les données. Nous avons créé le navigateur interactif pour rendre cela possible. « 

Michael Dyer, Ph.D., président du département de neurobiologie du développement de St. Jude

Le portail de données du CSTN a été dévoilé cette semaine lors de la réunion annuelle de l'American Association for Cancer Research, qui s'est tenue virtuellement.

Données basées sur le Web

Le portail facilite le téléchargement et l'analyse des données par les chercheurs.

Les données et outils d'analyse disponibles incluent:

  • Séquençage du génome entier de nouvelle génération des tumeurs du patient, de la lignée germinale et des xénogreffes orthopédiques dérivées du patient. Celles-ci sont présentées comme une application interactive, permettant des cartes thermiques personnalisées pour représenter les mutations et les recherches de gènes individuels. Des séquences génomiques brutes sont également téléchargées et disponibles.
  • Navigateurs interactifs pour les données épigénétiques et, dans certains cas, protéomiques
  • Images histologiques avec des taches spécifiques aux tissus et des images de microscopie électronique à trois grossissements pour chaque échantillon
  • Analyse clonale des échantillons de patients appariés et des xénogreffes orthotopiques
  • Recherche au niveau de l'échantillon et visualisation de données de caractérisation spécifiques qui permettent aux utilisateurs de filtrer en fonction de facteurs tels que l'âge du patient au moment du diagnostic ou les tumeurs primaires par rapport aux tumeurs récurrentes

Rapports pharmacocinétiques précliniques, protocoles de propagation de tumeurs et plus

Le séquençage d'ARN unicellulaire des xénogreffes orthotopiques dérivées de patients est en cours. Des échantillons de tumeurs et des données supplémentaires sont ajoutés au réseau à mesure qu'ils deviennent disponibles.

Les chercheurs universitaires peuvent également demander des cellules cryoconservées à des xénogreffes dérivées de patients orthotopiques, ainsi que des tissus ou des cellules congelés frais et des blocs de tissus enrobés de paraffine fixés au formol.

En juin 2020, plus de 200 chercheurs de plus de 100 institutions dans le monde avaient demandé et reçu plus de 1 500 échantillons de tumeurs du réseau.

« Nous pensons que le réseau et le portail de données sont le meilleur moyen de tirer le meilleur parti des échantillons de tissus tumoraux que les enfants et leurs parents ont donnés pour fournir des ressources pour accélérer les guérisons et comprendre les maladies », a déclaré Asa Karlstrom, Ph.D., de Neurobiologie du développement. Elle a été co-première auteure d'un rapport sur le portail de données du réseau qui a été inclus dans une session d'affiches de l'AACR.

La source:

Hôpital de recherche pour enfants St. Jude

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