Le génome du SRAS-CoV-2 est trois fois plus gros que le génome de la grippe. Les deux sont constitués de molécules NRA qui mutent lors de la réplication. Il est essentiel de connaître son spectre mutant, c’est-à-dire ses «empreintes digitales», pour obtenir un traitement approprié qui réduit son infectivité -la capacité des agents pathogènes à envahir les organismes et à provoquer des infections-, car sa composition en variantes pourrait déterminer comment l’infection serait se développer chez chaque patient.
Les chercheurs de l’Université de Malaga (UMA) pourront examiner la profondeur de ces spectres par des techniques d’ultrasequençage génétique grâce au système innovant qu’ils ont conçu: «QuasiFlow», un outil qui permet l’analyse des variantes présentes chez chaque patient individuellement.
«Nous souhaitons approfondir notre compréhension de la variabilité génétique du virus pour découvrir la meilleure façon d’attaquer, son point faible», explique le professeur Ana Grande du Département de biologie cellulaire, génétique et physiologie de l’UMA, qui mener une étude l’année prochaine, financée par le gouvernement d’Andalousie, pour intensifier la recherche sur de nouvelles thérapies à mise en œuvre rapide pour COVID-19.
Nouvelle thérapie antivirale
En particulier, ce chercheur de l’UMA coordonnera une équipe multidisciplinaire de scientifiques qui testera une nouvelle thérapie antivirale combinée, qui combine la stratégie de mutagenèse dite létale et les inhibiteurs des activités de relecture ExoN et MTase du coronavirus, afin de prévenir le virus. d’éviter la réponse immunitaire innée.
« L’idée est d’augmenter la capacité de mutation du virus pour le retourner contre le virus, modifier son spectre mutant pour qu’il perde son pouvoir infectieux », explique Ana Grande, qui affirme avoir déjà atteint cet objectif sur d’autres virus à ARN, tels que le virus de la chorioméningite lymphocytaire ou le virus de l’hépatite C, en appliquant des nucléosides ou des analogues de bases, similaires aux pièces de base dont sont constitués les génomes.
L’expert précise que, cette fois, ils le combineront avec des peptides -molécules composées de quelques acides aminés-, spécifiquement conçus contre son «talon d’Achille», l’enzyme qui corrige les erreurs qui peuvent l’effacer, pour rendre la mutagenèse létale plus efficace et obtenir de meilleurs résultats.
Le scientifique de l’UMA, qui étudie ce type de thérapies sur les virus animaux et végétaux depuis 1999, assure que le SRAS-CoV-2 ne fait pas exception, et qu’il a déjà été prouvé qu’il est sensible à ces thérapies de mutagenèse.
Phases de recherche
Ainsi, dans la première phase, déjà en cours, les chercheurs appliqueront le logiciel UMA « QuasiFlow » pour analyser le spectre mutant des échantillons de l’hôpital universitaire Virgen de la Victoria de Malaga. Ils analyseront des échantillons viraux prélevés sur des patients présentant différents cas cliniques, des cas asymptomatiques aux cas graves, y compris les patients réinfectés, afin de trouver des différences nettes dans leurs spectres.
Cette première phase est menée par les chercheurs et bioinformatiques de l’UMA Gonzalo Claros, Enrique Viguera, Pedro Seoane, Luis Díaz, Josefa Gómez et Diego Lozano, ainsi que les spécialistes de l’hôpital universitaire Virgen de la Victoria de Malaga Jesús Santos et Isabel Viciana.
Après l’ultrasequençage et l’analyse des spectres mutants, Ugo Bastolla, chercheur du Centre de Biologie Moléculaire « Severo Ochoa » (CBM) du Conseil National Espagnol de la Recherche (CSIC), effectuera la phase de modélisation pour identifier le meilleur analogue pour effectuer la mutagenèse . Ana María Fernández et Gregorio Fernández, experts en structures protéiques de l’Université Miguel Hernández d’Elche, seront en charge de la conception des peptides.
« Ces scientifiques vont concevoir une thérapie sur mesure basée sur le séquençage précédent du virus », précise le chercheur de l’UMA, qui ajoute que cette prise de conscience est essentielle pour aboutir à de nouveaux traitements pour lutter contre le COVID-19, que différentes stratégies devraient être étudiées car » on ne peut pas tout risquer d’un seul coup « avec ce virus.
L’essai sur cellules hôtes pour tester l’efficacité de l’association de ces deux thérapies constitue la phase finale de l’étude. Les chercheurs auront un an pour mener l’essai et 94 800 EUR du Fonds COVID-19 du gouvernement d’Andalousie, à imputer sur le fonds FEDER.
