Un nouvel outil offre une approche de médecine de précision basée sur les données pour aider les scientifiques à mieux comprendre COVID-19

Il s’appelle PAGER-CoV et promet d’être un outil important dans la recherche de thérapies contre le COVID-19. En termes simples, PAGER-CoV est une base de données contenant près de 12 000 informations génétiques (à ce jour) sur le virus SRAS-CoV-2, informations que les chercheurs et les médecins peuvent utiliser pour adapter les traitements contre la maladie.

PAGER-CoV est une extension de PAGER, une base de données d’ensembles de gènes créée par Jake Chen, Ph.D., professeur au Département de génétique de l’Université de l’Alabama à Birmingham et directeur associé de l’Institut d’informatique à la UAB School of Medicine . Chen a créé PAGER il y a une dizaine d’années alors qu’il était à l’Université de l’Indiana. Alors que la pandémie se propageait au début de 2020, Chen et ses collègues de l’UAB ont créé un système similaire, PAGER-CoV, en réponse.

La base de données comprend 11835 PAG, ce qui signifie ppartout, unenlistes de gènes notées et gsignatures ene.

Les chemins sont la feuille de route qui décrit comment les gènes sont activés et désactivés et comment ils établissent des connexions entre eux.

Les listes de gènes annotées sont des informations empiriques que les chercheurs recueillent à partir d’expériences ou de littérature. Les listes de gènes aident les chercheurs à comprendre comment un certain type de cellule se comporte dans différentes conditions.

Une signature génétique est un modèle unique d’expression génique dans une cellule à partir d’un seul ou d’un groupe de gènes, fournissant des informations sur l’activité de ces gènes dans la cellule.

Le SRAS-CoV-2 est un nouveau virus, et nous ne savions pas grand-chose de sa fonction à l’été 2020. L’objectif ici est de rassembler toutes ces informations dans une base de données interrogeable afin que les chercheurs puissent mieux comprendre comment les gènes du virus se comportent ou fonctionnent dans diverses conditions biophysiques, telles que les patients COVID-19 sévères ou COVID-19 long-courriers. « 

Jake Chen, Ph.D., professeur, Département de génétique, Université de l’Alabama à Birmingham

Chen dit que le SRAS-CoV-2 a 15 gènes, avec peu d’informations sur la façon dont ces gènes affectent les cellules humaines.

« Nous devons comprendre les différences entre les personnes qui meurent du COVID-19 et celles qui n’ont qu’un cas bénin de la maladie », a-t-il déclaré. « Il s’agit d’une approche de médecine de précision, utilisant la base de données pour organiser tout ce que nous avons appris sur le virus afin que les informations puissent être utilisées de manière efficace. »

Chen dit que les effets en aval du coronavirus ne sont pas bien compris. Une meilleure compréhension pourrait conduire à des thérapies adaptées basées sur le comportement des gènes.

«Nous devons savoir comment les protéines virales interagissent avec les cellules humaines, et nous devons savoir ce que nous pouvons faire à ce sujet», a-t-il déclaré. «Les thérapies possibles ne manquent pas. Il y a une pénurie de schémas thérapeutiques qui associeront le bon traitement à la bonne personne. La médecine de précision basée sur les données est ce que ce travail aidera les médecins du COVID-19 à comprendre.

L’article de Chen et de ses collègues sur le fonctionnement du PAGER-CoV a été publié en janvier dans Nucleic Acids Research. L’équipe a recherché dans la littérature médicale tous les articles traitant du virus SRAS-CoV-2. Ils ont ensuite utilisé des outils de science des données pour effectuer un traitement et une intégration de données complets. Des super ordinateurs ont été utilisés pour établir des mesures de qualité et développer des relations PAG à PAG.

Chen dit que les utilisateurs peuvent rechercher dans la base de données avec n’importe quel gène humain ou un PAG d’intérêt, explorer leur entrée dans la base de données et naviguer vers d’autres PAG connexes via des relations de co-appartenance PAG à PAG partagées ou des relations réglementaires PAG à PAG. . À ce jour, 19 996 993 relations PAG à PAG sont stockées dans la base de données.

«Notre intention est de fournir une ressource que les chercheurs effectuant des études génomiques fonctionnelles du COVID-19 utiliseront», a déclaré Chen. « Il y a beaucoup d’informations ici, organisées d’une manière qui, nous l’espérons, suscitera de nouvelles perspectives et conduira à des résultats significatifs. »

PAGER-CoV augmentera à mesure que de nouvelles informations seront disponibles et ajoutées à la base de données. Chen exhorte les chercheurs du monde entier à utiliser le portail et à participer à cet effort communautaire de conservation des connaissances.

PAGER-CoV est librement accessible au public sans obligation d’enregistrement ou de connexion (http://discovery.informatics.uab.edu/PAGER-CoV/). Les données sont disponibles pour téléchargement sur la base de l’accord de citation de ce travail tout en utilisant les données du site PAGER-CoV.