Plus d’un an depuis l’émergence du coronavirus 2 du syndrome respiratoire aigu sévère (SRAS-CoV-2) – l’agent étiologique de la maladie à coronavirus 2019 (COVID-19) – les origines exactes de ce nouveau virus restent un mystère, sans progéniteur animal clair ou hôte intermédiaire confirmé.
Un pathogène zoonotique (dérivé d’animaux), le SRAS-CoV-2 a été initialement pensé pour s’être propagé aux hôtes humains via un «marché humide» à Wuhan, en Chine, où il a été détecté pour la première fois en décembre 2019.
Des échantillons environnementaux du marché de fruits de mer de Huanan dans le district de Jianghan de la ville de Wuhan ont montré des preuves d’infections chez l’homme. Cependant, des études de cas ultérieures n’ont trouvé aucun lien avec ce marché. Cela suggère qu’il ne s’agissait peut-être pas du «point zéro» de la propagation du SRAS-CoV-2.
Une première idée était que les pangolins – largement vendus et consommés en Chine – pourraient avoir été l’hôte intermédiaire qui a facilité le passage du SRAS-CoV-2 aux humains. Cela a été émis l’hypothèse sur la base que les pangolins sont souvent des réservoirs de coronavirus. Cependant, les recherches ultérieures ne l’ont pas corroboré.
En outre, l’identification récente des plus proches parents connus du SRAS-CoV-2 dans des échantillons de chauves-souris en fer à cheval dans la province du Yunnan, à environ 1500 km de Wuhan, ainsi qu’au Cambodge et au Japon, suggère que ces agents pathogènes d’origine animale ont circulé parmi espèces de chauves-souris beaucoup plus longues qu’on ne le pensait auparavant – dans de grandes zones géographiques en Chine et au-delà.
Ce que les études ont jusqu’à présent établi, cependant, c’est que le SRAS-CoV-2 est un membre du sous-genre Sarbecovirus des Betacoronavirus observés chez les hôtes de la famille des chauves-souris en fer à cheval. Rhinophilidae, et une lignée sœur du SRAS-CoV, qui a provoqué l’épidémie de SRAS en 2002-2003.
Désormais, une équipe de chercheurs du Royaume-Uni et de Chine a effectué une analyse complète des Sarbecovirus de la chauve-souris en fer à cheval et du pangolin. Les résultats de leur étude ont été publiés sur le bioRxiv* serveur de pré-impression.
Analyse des Sarbecovirus de la chauve-souris fer à cheval et du pangolin
Les chercheurs se sont concentrés sur un groupe plus large de Sarbecovirus «nCoV» qui se regroupent phylogénétiquement avec le SRAS-CoV-2 et ont impliqué une analyse de détection par recombinaison de l’alignement du génome de tous les Sarbecovirus disponibles. L’équipe a identifié 16 points de rupture de recombinaison qui peuvent aider à diviser l’alignement en 17 régions génomiques putativement non recombinantes à partir desquelles l’histoire évolutive du virus peut être déterminée.
Pour caractériser les schémas de recombinaison entre les virus du même clade que le SRAS-CoV-2 et ceux du même clade que le SRAS-CoV, les chercheurs ont classé chaque virus dans chacune des 17 régions comme appartenant au clade nCoV ou non clade nCoV (qui sera plus proche du SRAS-CoV).
Relier le Sarbecovirus lié au SRAS-CoV-2 à la géographie et aux gammes d’hôtes. L’analyse de recombinaison sur un alignement du génome entier de 69 Sarbecovirus a identifié 16 points de rupture de recombinaison (A), voir méthodes. La quatrième région a été utilisée pour une analyse de l’horloge moléculaire (voir l’échelle ci-dessous l’arbre phylogénétique) et l’âge médian des nœuds est présenté pour deux nœuds clés comprenant des intervalles de HPD à 95%; un ensemble représentatif de 32 virus est présenté dans l’arbre phylogénétique. Pour illustrer les schémas de recombinaison entre les virus du même clade que SARS-CoV-2 et ceux des autres clades de l’arbre, nous avons attribué chaque région de chaque virus soit au clade nCoV (le clade SARS-CoV-2 est trouvé dans, rose) ou le clade non-nCoV (plus proche du SRAS-CoV, bleu). La nuance de couleur correspond à la distance génétique, voir clé. Le «cluster GX» (astérisque) comprend cinq virus échantillonnés dans les pangolins de la Sonde dans le Guangxi (P1E, P2V, P4L, P5E, P5L; voir le tableau S1). Une carte de la Chine (B) est présentée avec des couleurs correspondant aux régions où des sarbécovirus ont été échantillonnés: bleu, le clade non-nCoV et rose, le clade nCoV. Les symboles correspondent aux provinces situées à l’extrémité des arbres en A. Gamme d’hôtes de quatre hôtes potentiels de l’ancêtre proximal du SRAS-CoV-2 (C); va de Smith et Xie (2013).
La consommation de viande a entraîné des perturbations écologiques dans la transmission du SRAS-CoV-2 à l’homme
Les travaux ont confirmé que Rhinolophus affinis est toujours l’espèce réservoir probable car son aire de répartition s’étend à travers la Chine centrale et méridionale, ce qui explique les recombinants de la chauve-souris Sarbecovirus en Chine occidentale et orientale, les recombinants de la chauve-souris Sarbecovirus liés au sud de la Chine et les infections à pangolins trafiquées. Comme les changements dans la consommation de viande ont entraîné des perturbations écologiques, ils ont conduit à la transmission du SRAS-CoV-2 aux humains par contact direct ou indirect avec la faune et à son émergence dans le Hubei, en Chine centrale.
Selon les auteurs, la seule façon de trouver le progéniteur animal du SRAS-CoV-2 et la localisation de ses proches parents est d’augmenter l’intensité d’échantillonnage. Il convient de noter que les proches parents du SRAS-CoV-2 peuvent également avoir un potentiel pandémique et constituer une menace similaire d’émergence chez les animaux et la population humaine.
La sensibilité du pangolin à un coronavirus humain apparemment nouveau n’est pas surprenante étant donné la nature généraliste bien documentée du SRAS-CoV-2, qui se transmet facilement à plusieurs mammifères avec des récepteurs ACE2 similaires et présente un risque grave de zoonose inverse, comme l’a fait été vu plus particulièrement avec des transmissions d’humain à vison.
La nécessité d’un échantillonnage accru
Les données actuellement disponibles montrent une histoire complexe derrière l’évolution naturelle du SRAS-CoV-2, entraînée par la co-circulation de coronavirus apparentés au cours du siècle dernier dans les populations de chauves-souris à travers l’est, l’ouest, le centre et le sud de la Chine. De multiples événements de recombinaison évidents dans les génomes de virus prélevés sur différents hôtes de chauves-souris dans diverses parties de la Chine indiquent un mouvement constant de ces virus en raison des différentes populations de chauves-souris qui les portent.
Compte tenu de la réalité des contacts humains-animaux fréquents, la caractérisation de routine des infections respiratoires semblerait une précaution judicieuse pour empêcher l’émergence future de Sarbecovirus.
Toutes les preuves disponibles indiquent la nécessité d’un hôte réservoir avec une large gamme géographique, comme les chauves-souris chinoises. Alors que l’étude présente des preuves pour R. affinisimportance, il existe au moins 20 espèces différentes de Rhinolophus à travers la Chine. De plus, étant donné que les sarbécovirus sont de nature généraliste, les animaux sauvages ou d’élevage tels que les visons pourraient également faciliter la transmission du virus des chauves-souris aux humains.
Le risque d’émergence future d’une nouvelle souche de SRAS-CoV-2 nCoV est trop élevé pour restreindre les stratégies d’échantillonnage », mettent en garde les chercheurs.
*Avis important
bioRxiv publie des rapports scientifiques préliminaires qui ne sont pas évalués par des pairs et, par conséquent, ne doivent pas être considérés comme concluants, guider la pratique clinique / les comportements liés à la santé ou être traités comme des informations établies.
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