Des chercheurs suédois et brésiliens ont identifié une nouvelle mutation dans une souche de coronavirus 2 du syndrome respiratoire aigu sévère (SRAS-CoV-2) obtenue chez un patient à Stockholm, en Suède, fin avril.
Tatiany Soratto et ses collègues du Karolinska Institutet, Suède, et de l'Université fédérale de Santa Catarina, au Brésil, disent qu'il est possible que la mutation inconnue puisse affecter la capacité du virus à se lier aux cellules hôtes.
La mutation est située à la surface de la sous-unité S1 de la protéine de pointe SARS-CoV-2, la principale structure de surface que le virus utilise pour pénétrer dans les cellules hôtes. La sous-unité S1 contient le domaine de liaison pour l'enzyme 2 de conversion de l'angiotensine du récepteur membranaire de la cellule hôte (ACE2).
L'étude a également révélé que sur quatre génomes presque complets assemblés à partir de patients infectés, trois appartenaient à l'un des groupes génétiques que l'Agence de la santé publique de Suède avait précédemment signalé comme ayant diminué de prévalence à la fin avril.
L'équipe prévient qu'une enquête plus approfondie est nécessaire pour s'assurer que la propagation des différentes souches de SRAS-CoV-2 est correctement caractérisée.
Une version pré-imprimée du papier est disponible sur le serveur bioRxiv *, tandis que l'article fait l'objet d'un examen par les pairs.
Spike (S) SARS-CoV-2 modélisé avec SWISS-MODEL (Waterhouse et al., 2018) en utilisant la structure 6ZGH comme modèle, dessinée et colorée dans UCSF Chimera (Pettersen et al., 2004). Le domaine N-terminal (NTD) est de couleur verte et le domaine de liaison au récepteur / domaine Cterminal (RBD / CTD) est rouge. L'encart agrandi montre l'emplacement de la mutation R634H (bleu).
Sommaire
Surveillance et analyse du SRAS-CoV-2
Depuis le début de l'épidémie de coronavirus 2019 (COVID-19) à Wuhan, en Chine, à la fin de l'année dernière, elle s'est propagée à des taux sans précédent et a affecté presque tous les pays du monde.
La propagation virale rapide et les conséquences sanitaires et socio-économiques dévastatrices à l'échelle mondiale ont conduit à des efforts urgents pour caractériser le virus, suivre sa propagation et étudier ses caractéristiques biologiques pour aider à identifier les stratégies de traitement potentielles et à surveiller l'efficacité des mesures d'atténuation.
Vérification des génomes du SRAS-CoV-2
En Suède, à la fin du mois d'avril, le virus infectait environ 600 personnes par jour et en tuait environ 90 par jour.
Le 26 avril, Soratto et l'équipe ont collecté et testé des écouvillons nasopharyngés de 23 patients suspects de COVID-19 à l'hôpital universitaire Karolinska de Stockholm, en Suède.
Dix-sept des patients ont été confirmés positifs pour le SRAS-CoV-2 par des tests d'amplification en chaîne par transcriptase-polymérase inverse (RT-PCR). Après l'extraction de l'ARN viral et la synthèse d'ADN complémentaire, des bibliothèques de fragments de 350 paires de bases (pb) ont été générées et préparées pour le séquençage par fusil de chasse.
Après avoir supprimé les séquenceurs et adaptateurs de mauvaise qualité et la référence du génome humain, les chercheurs ont mappé les lectures restantes sur le génome complet de SARS-CoV-2 Whuan-Hu-1, accessible dans GenBank.
Une fois cartographié, le Genome Detective Virus Tool a été utilisé pour assembler les lectures avec le génome GenBank SARS-CoV-2 utilisé comme référence, et des variants de nucléotides uniques ont été attribués à chaque génome.
Les chercheurs ont pu assembler quatre génomes presque complets couvrant 99,7 à 99,8% du génome de référence GenBank et toute la région codante.
Une variante a été identifiée qui pourrait avoir des effets déstabilisants
Par rapport au génome de référence, les quatre génomes assemblés avaient chacun entre 9 et 14 variants nucléotidiques.
L'équipe rapporte que les quatre génomes avaient des mutations en position non codante 241 C (cytosine) vers T (thymine) et trois mutations dans les régions codantes, qui étaient deux C à T à 3037 pb et 14408 pb, et une A (adénine) à G ( guanine) à 23403 pb.
Dans l'un des génomes, un variant a été trouvé à 23463 pb qui n'a été trouvé dans aucun autre génome de GenBank SARS-CoV-2. La mutation transforme un résidu arginine en un résidu histidine en position 364 dans la sous-unité SI de la protéine de pointe virale.
Les chercheurs affirment que cette variante de la protéine de pointe pourrait avoir des effets déstabilisants.
«Le variant est situé à la surface de la sous-unité S1, et pourrait éventuellement affecter l'attachement du virion à la cellule, même s'il ne change pas le domaine de liaison au récepteur lui-même», écrit l'équipe.
Trois génomes étaient des souches que l'on croyait auparavant avoir décliné en Suède
En comparant les quatre génomes du SRAS-CoV-2 obtenus auprès de patients à Stockholm avec ceux détectés dans le monde, les chercheurs ont découvert qu'ils appartenaient aux souches génétiques 20C / B.1 / G et 20B / B.1.1 / GR.
L'Agence de la santé publique de Suède avait précédemment signalé ces groupes génétiques comme deux des trois principales souches trouvées en Suède.
Cependant, trois des génomes appartiennent au groupe B.1 / G, dont la prévalence a également été signalée par l'Agence de santé publique de Suède à la fin du mois d'avril, selon Soratto et son équipe.
«Cette lignée s'est étendue à plus de 20 pays d'Europe, des Amériques, d'Asie et d'Australie et correspond à l'épidémie italienne», écrivent les chercheurs.
«Une enquête plus approfondie est nécessaire pour garantir que la propagation des différents types de SRAS-CoV-2 est pleinement caractérisée», concluent-ils.
*Avis important
bioRxiv publie des rapports scientifiques préliminaires qui ne sont pas évalués par des pairs et, par conséquent, ne doivent pas être considérés comme concluants, orienter la pratique clinique / les comportements liés à la santé ou être traités comme des informations établies.