L'inactivation de l'échantillon peut contribuer au taux de faux négatifs du SRAS-Cov-2

Pour protéger le personnel des laboratoires médicaux contre l'infection lors du test d'échantillons cliniques pour le SRAS-CoV-2, la plupart des laboratoires inactivent le virus avant le test.

L'effet de l'inactivation sur la détection des résultats n'a pas été déterminé, mais le taux de faux négatifs pour un test unique du virus inactivé a été estimé entre 30% et 50%.

Une équipe d'enquêteurs dirigée par Chaofeng Ma du Centre de contrôle et de prévention des maladies de Xi'an a émis l'hypothèse que l'inactivation virale pouvait contribuer à de faux négatifs.

Ils ont maintenant testé plusieurs méthodologies d'inactivation pour déterminer si et dans quelle mesure ils réduisent le virus détectable dans un échantillon clinique. La recherche apparaît dans le Journal of Clinical Microbiology, une publication de l'American Society for Microbiology.

Les enquêteurs ont prélevé des échantillons cliniques sur 63 patients infectés par le SRAS-CoV-2. Ils ont d'abord utilisé une technologie appelée PCR numérique pour déterminer le nombre total de particules virales dans chaque échantillon.

Ils ont ensuite inactivé le virus à partir des échantillons et déterminé combien moins de virus était détectable sur 2 sites du génome, un gène qui code pour la protéine « nucléocapside » et une section du génome appelée ORF 1ab.

Le premier traitement inactivant a utilisé un réactif appelé TRIzol et détruit 47,54% des gènes de nucléocapside et près de 40% de l'ORF 1ab.

Le deuxième traitement d'inactivation a chauffé les échantillons à 56 ° C pendant 30 minutes et a réduit les quantités des deux sections du génome de 48,55% et 56,40%, respectivement.

Le chauffage à 80 ° C pendant 20 minutes a réduit davantage le nombre de copies virales, et l'ébullition ou l'autoclavage à 121 ° C n'a laissé pratiquement aucun virus détectable.

Les futures études devraient inclure des réactifs d'inactivation en plus de TRIzol, ont écrit les chercheurs. Mais pour l'instant, « … TRIzol est recommandé pour l'inactivation des échantillons … car TRIzol a le moins d'effet sur le nombre de copies d'ARN parmi les méthodes testées. »

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La source:

Société américaine de microbiologie

Référence de la revue:

Chen, H., et al. (2020) Influence of Different Inactivation Methods on Severe Acute Respiratory Syndrome Coronavirus 2 RNA Copy Number. Journal of Clinical Microbiology. doi.org/10.1128/JCM.00958-20.

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