Une étude récente menée par des chercheurs du Beth Israel Deaconess Medical Center et de la Harvard Medical School, actuellement disponible sur le serveur de préimpression medRxiv *, montre comment les échantillons d'écouvillons nasaux détectent de manière fiable les patients infectés par le coronavirus 2 du syndrome respiratoire aigu sévère (SRAS-CoV-2) qui présentent des charges virales élevées, mais peuvent manquer de nombreux patients avec des charges virales plus faibles – remettant en question leur rôle en tant qu'échantillon unique pour fins de diagnostic.
La résolution des dommages causés par la pandémie de coronavirus (COVID-19) aux soins de santé, à l'économie et à la société dans son ensemble nécessitera une distribution et des tests à grande échelle à des niveaux sans précédent. Par conséquent, il existe un intérêt général pour le développement d'alternatives aux écouvillons nasopharyngés et aux autres méthodes d'échantillonnage actuellement disponibles pour le diagnostic du COVID-19.
Parmi ces alternatives, la collecte d'échantillons d'écouvillons nasaux, qui peut même être effectuée par le patient, éliminant ainsi le besoin de professionnels de la santé et d'équipements de protection individuelle. Cependant, des études antérieures évaluant leur utilisation étaient parvenues à des conclusions opposées, par exemple, lorsque l'échantillonnage nasal était comparé à l'écouvillonnage nasopharyngé.
Pour résoudre ce problème important, les chercheurs du Beth Israel Deaconess Medical Center et de la Harvard Medical School de Boston, aux États-Unis, ont décidé de comparer deux procédures de prélèvement d'écouvillons nasaux pour les travailleurs de la santé et trois conditions de transport différentes.
Instructions d'écouvillonnage nasal
Sommaire
Une approche d'échantillonnage mini-invasive
En bref, ces chercheurs ont conçu leur protocole d'étude comme une étude à six bras avec un total de 308 participants. Tous les sujets de l'étude étaient des adultes de plus de 18 ans. Ils ont été testés pour le SRAS-CoV-2 pendant le cours normal des soins cliniques (soit en raison d'une suspicion clinique d'infection au COVID-19, soit comme suivi après un précédent SARS-CoV- 2-positivité).
Les écouvillons nasaux standard ont été comparés dans trois conditions de transport d'échantillons diverses: un tampon de transport de thiocyanate de guanidine, dans un milieu de transport viral CDC modifié, et sans aucun tampon. La réaction en chaîne par transcription inverse et polymérase (RT-PCR) a été utilisée à des fins d'identification et de quantification.
Lors du prélèvement d'un écouvillon nasal pour chaque narine, le patient a été invité à appuyer un doigt contre l'extérieur de cette narine lors de l'insertion de la pointe de l'écouvillon, tandis que l'écouvillon a été tourné contre cette pression externe pendant dix secondes. Les écouvillons nasopharyngés ont été prélevés dans une seule narine par une méthode standard.
Écouvillons nasaux fiables pour des charges virales élevées
« Nos résultats suggèrent fortement que la concordance entre les écouvillons nasaux et nasopharyngés dépend de la limite de détection du test PCR utilisé pour mesurer la positivité, avec une concordance élevée pour les charges virales moyennes à élevées et une faible concordance pour les charges virales faibles, qui peuvent se situer en dessous des limites de détection de divers tests actuellement largement utilisés « , expliquent les auteurs de l'étude à leurs principaux résultats.
Plus précisément, ils ont découvert que les échantillons d'écouvillons nasaux peuvent détecter de manière fiable les patients dont la charge virale est supérieure à 1000 copies par millilitre de sang humain, mais peuvent manquer de nombreux patients qui ont une charge virale inférieure – qui étaient en fait la majorité des patients de cette étude.
Surtout, en fonction de la distribution de la charge virale chez les individus testés pour la première fois dans cette étude, environ 20% des personnes infectées par le SRAS-CoV-2 manqueraient si elles étaient échantillonnées à l'aide de prélèvements nasaux, ce qui souligne l'ampleur de ce problème.
« Une explication biologique complète nécessitera une étude plus approfondie; cependant, une possibilité est qu'en cas de charge virale élevée, le virus répliquant peut être plus susceptible de se propager à l'épithélium respiratoire bordant et / ou dans les parties plus profondes des narines antérieures, où il peut être récupéré par écouvillonnage nasal « , disent les auteurs de l'étude.
À l'inverse, aucune différence n'a été notée entre les protocoles d'échantillonnage et entre les conditions du milieu de transport, ce qui suggère que la sensibilité plus faible observée de l'échantillonnage des écouvillons nasaux représente une limitation universelle de l'emplacement anatomique et que les protocoles et les conditions du milieu testés dans cette étude sont interchangeables. C'est une bonne nouvelle, car elle nous offre une myriade d'options potentielles pour l'acquisition d'échantillons.
Avantages et inconvénients de l'utilisation d'écouvillons nasaux dans les tests SARS-CoV-2
Les écouvillons nasaux présentent des avantages considérables en termes de simplicité de collecte et de possibilité d'auto-collecte. Sur la base des résultats de cette étude, leur rôle serait optimal dans les efforts de dépistage de prévalence à volume élevé dans des populations saines (comme les universités et les lieux de travail), où il servirait essentiellement de prélude à des tests ciblés avec des méthodes plus sensibles.
En revanche, les écouvillons nasaux ne doivent pas être utilisés pour dépister les patients symptomatiques et hospitalisés; il s'agit de la population d'un intérêt particulier où un échantillonnage nasopharyngé beaucoup plus sensible et gourmand en ressources est définitivement justifié pour aider à orienter les soins et les ressources de contrôle des infections.
Dans l'ensemble, cette étude suggère d'être extrêmement prudent avec l'utilisation des tests nasaux dans le domaine des soins de santé, mais aussi de tous les efforts de recherche des contacts, et avertit que les tests nasaux doivent être considérés comme un complément et non un remplacement des tampons nasopharyngés.
En d'autres termes, bien que les prélèvements nasaux soient les bienvenus comme une « arme '' supplémentaire dans la lutte contre le COVID-19, tous les travailleurs de la santé doivent être informés et bien conscients des limitations susmentionnées qui peuvent entraver sa sensibilité diagnostique. Par conséquent, cette ressource doit être utilisée avec prudence et sagacité.
*Avis important
medRxiv publie des rapports scientifiques préliminaires qui ne sont pas évalués par des pairs et, par conséquent, ne doivent pas être considérés comme concluants, orienter la pratique clinique / les comportements liés à la santé, ou traités comme des informations établies.