L'analyse moléculaire de la deuxième vague du COVID-19 montre des virus mutants liés à une propagation rapide

Revue par Emily Henderson, B.Sc.24 sept 2020

L'analyse moléculaire de la puissante deuxième vague du COVID-19 à Houston – du 12 mai au 7 juillet – montre une souche de virus muté liée à des taux de transmission et d'infection plus élevés que les souches de coronavirus qui ont provoqué la première vague de Houston.

Les résultats du séquençage génétique de 5085 patients positifs au COVID testés chez Houston Methodist depuis début mars montrent un virus capable de s'adapter, de survivre et de prospérer – il est donc plus important que jamais pour les médecins scientifiques de comprendre son évolution alors qu'ils travaillent à la découverte de vaccins et de thérapies efficaces.

Dans la deuxième grande étude de séquençage génétique menée par James M. Musser, MD, Ph.D., directeur du département de pathologie et de médecine génomique de Houston Methodist, et son équipe de pathologistes des maladies infectieuses, ils ont constaté que les deux vagues affectaient différents types de patients.

L'étude, préimprimée sous le titre «Architecture moléculaire de dissémination précoce et deuxième vague massive du virus SARS-CoV-2 dans une grande région métropolitaine», fournit la première caractérisation moléculaire des souches de SRAS-CoV-2 provoquant deux COVID-19 distincts vagues de maladies, un problème qui sévit désormais largement dans de nombreux pays européens.

La deuxième vague de Houston a touché des patients nettement plus jeunes qui avaient moins de conditions sous-jacentes et étaient plus susceptibles d'être hispaniques / latino-américains vivant dans des quartiers à faible revenu.

En outre, pratiquement toutes les souches de COVID-19 étudiées au cours de la deuxième vague présentaient un remplacement d'acide aminé Gly614 dans la protéine de pointe – la partie du virus qui médie l'invasion dans les cellules humaines, donne au coronavirus son aspect révélateur de couronne et est le principal objectif des efforts de vaccination dans le monde.

Bien que cette mutation ait été liée à une transmission et une infectivité accrues, ainsi qu'à une charge virale plus élevée dans le nasopharynx, qui relie la cavité nasale à la gorge, la mutation n'a pas augmenté la gravité de la maladie, ont déclaré les chercheurs.

Les résultats renforcent les inquiétudes des chercheurs quant à la montée en puissance du virus grâce à des mutations naturelles capables de produire des virus mutants qui peuvent échapper aux vaccins – appelés «  échappés '' – ou des mutants qui peuvent résister aux médicaments et à d'autres thérapies.

Ces vastes données sur le génome du virus recueillies à partir des premiers cas de Houston à ce jour, associées à la base de données croissante que nous construisons chez Houston Methodist, nous aideront à identifier les origines des nouveaux pics et vagues d'infection. Cette information peut être une ressource communautaire particulièrement utile car les écoles et les collèges rouvrent et les contraintes de santé publique sont encore plus assouplies. « 

James M. Musser, M. D, Ph.D, auteur correspondant à l'étude, président, Département de pathologie et de médecine génomique, Houston Methodist

Compte tenu de l'urgence de trouver des traitements efficaces contre le COVID-19, le rapport préliminaire est publié sur le serveur de pré-impression medRxiv, et un manuscrit est en cours d'examen par les pairs dans une revue scientifique de premier plan. Cette pré-impression n'est pas la version finale de l'article.

Wesley Long, M.D., Ph.D., premier auteur de l'étude, a déclaré qu'il était essentiel que les gens de la région, de l'État et du pays continuent de maintenir des pratiques préventives en place. «Pour éviter cette troisième vague et réduire les cas, nous devons continuer à porter des masques, à nous éloigner et à faire des tests et à rester à la maison si nous sommes malades», a déclaré Long. « Le virus est toujours là et circule toujours. »

Plus les scientifiques peuvent comprendre cette pandémie et la mettre en contexte avec ce qu'ils comprennent sur les autres coronavirus, ajoute Long, plus ils seront en mesure de découvrir des traitements ou des vaccins qui pourraient nous protéger non seulement du COVID-19, mais aussi des futures pandémies. .