L’émergence de nouvelles variantes du coronavirus 2 du syndrome respiratoire aigu sévère (SRAS-CoV-2) a été une grave préoccupation pour les autorités de santé publique et les gouvernements impliqués dans l’arrêt de la pandémie en cours de maladie à coronavirus (COVID-19). Un nouveau document de recherche préimprimé publié sur le medRxiv * Le serveur traite les résultats préliminaires d’une étude sur la variante dite britannique, UI-202012/01, également connue sous le nom de lignage B.1.1.7 ou 20B / 501Y.V1.
Ce variant a été documenté pour la première fois le 14 décembre 2021 et est défini par la mutation N501Y dans le domaine de liaison au récepteur (RBD) de la protéine de pointe, la délétion ΔH69 / V70 et de nombreuses autres mutations. Il a été récemment rapporté que cette variante augmentait en fréquence dans le sud-est de l’Angleterre si rapidement que l’on soupçonnait qu’elle avait une transmissibilité accrue.
L’étude actuelle visait à étudier cet aspect du virus en termes d’augmentation de la charge virale. Les chercheurs ont séquencé tous les échantillons positifs de quatre laboratoires Lighthouse au Royaume-Uni, en utilisant leur approche de séquençage quantitatif. Cela donne le nombre de lectures mappées uniques, qui a une corrélation avec et agit donc comme un proxy pour la charge virale.
Ils ont constaté que le logarithme des lectures cartographiées uniques était négativement corrélé aux valeurs Ct obtenues à partir du test de réaction en chaîne par polymérase (PCR). Ils ont choisi la présence de Y501 comme marqueur de la nouvelle variante. Sur 88 échantillons ayant montré cette mutation, ils n’ont considéré que les échantillons prélevés dans la période du 31 octobre au 13 novembre 2020. Cela a montré que le nombre de lectures mappées uniques dans la variante Y501 était plus significatif que dans la variante N501, indiquant que les charges virales médianes sont multipliées par environ trois pour la variante Y501.
Une forte corrélation négative entre la valeur Ct et log10 (nombre de lectures mappées). Le nombre de lectures mappées de manière unique par échantillon peut être utilisé comme proxy pour la charge virale. La valeur Ct indiquée est la valeur Ct maximale obtenue de Majora (la base de données COG) à partir de données rétrospectives pour tous les laboratoires Lighthouse qui fournissent des données Ct; log10 des lectures mappées de manière unique (dédupliquées) obtenues avec la plate-forme veSEQ est bien corrélée avec Ct. Cela n’inclut pas les échantillons dans ce rapport, car les valeurs Ct n’étaient pas encore disponibles.
Les charges virales diffèrent selon le lieu
Les chercheurs ont ensuite examiné l’emplacement géographique à partir duquel différents échantillons ont été prélevés, là où ces informations étaient disponibles. Ils ont constaté que quelle que soit la variante présente, tous les échantillons du Grand Londres avaient une charge virale beaucoup plus élevée par rapport à tout autre endroit.
À d’autres endroits, cependant, les charges virales du Y501 étaient beaucoup plus élevées que celles du N501. De manière significative, cependant, l’emplacement, qui a été enrichi pour Y501, comté de Kent, n’a montré aucune différence entre Y501 et N501 en ce qui concerne les charges virales. Cela pourrait indiquer que l’infection par VUI-202012/01 et la charge virale étaient corrélées en dehors du Grand Londres. Dans ce dernier endroit, les raisons du manque d’association pourraient être parce que l’étude était sous-alimentée, ou bien, cela pourrait être dû à des différences dans les paramètres démographiques et épidémiologiques de la population de Londres par rapport à d’autres endroits.
Quelles sont les implications?
Les chercheurs soulignent que les échantillons de cette étude provenaient de personnes symptomatiques. On pense que la charge virale est plus élevée au début des symptômes. Étant donné que les données séquencées couvraient un large éventail de charges virales, elles suggèrent que les données de test provenaient d’individus à tous les stades de l’infection symptomatique.
La nouvelle variante peut circuler dans un groupe d’âge particulier, par exemple, qui a des charges virales plus élevées. Cela peut expliquer la différence entre les corrélations de la charge virale Ct dans le Grand Londres et en dehors de cette région. Un autre facteur est la transmission intense qui se produit pendant la phase initiale d’une épidémie causée par une lignée donnée. La dispersion de la lignée se produit beaucoup plus tard. Cela ne peut être confirmé qu’avec plus de recherches.
Les raisons de la croissance plus rapide associée à cette variante ne sont pas claires: cela pourrait être dû à une croissance épidémique plus rapide, à des modèles démographiques, à des effets fondateurs ou à des charges virales plus élevées, entre autres mécanismes biologiques. La corrélation avec des charges virales plus élevées, dans ce cas, semble suggérer une transmissibilité accrue de ce virus, mais des études complémentaires sont nécessaires. Encore une fois, la mutation N501Y n’est peut-être pas la seule raison de cette expansion. Il est plus nécessaire de comprendre comment les niveaux viraux sont liés à la virulence, car cela peut déterminer la gravité de l’infection.
*Avis important
medRxiv publie des rapports scientifiques préliminaires qui ne sont pas évalués par des pairs et, par conséquent, ne doivent pas être considérés comme concluants, guider la pratique clinique / les comportements liés à la santé, ou traités comme des informations établies.