La mise en place d'un réseau mondial de surveillance peut avertir de la prochaine pandémie

Le virus qui cause COVID-19 est probablement originaire de chauves-souris sauvages qui vivent dans des grottes autour de Wuhan, en Chine, et peut avoir été transmis à une deuxième espèce animale avant d'infecter les gens, selon l'Organisation mondiale de la santé.

Bon nombre des épidémies les plus dévastatrices de ces dernières décennies – notamment Ebola, la grippe aviaire et le VIH / sida – ont été déclenchées par des virus animaux qui se sont propagés aux humains.

Malgré le danger toujours présent d'un nouveau virus qui émerge et déclenche une pandémie mondiale, il n'y a pas de système mondial de dépistage des virus chez les animaux sauvages qui pourraient éventuellement se propager aux humains.

Dans un article en perspective publié le 9 juillet dans Science, un groupe diversifié d'experts en maladies infectieuses, d'écologistes, de biologistes de la faune et d'autres experts soutiennent qu'un système mondial décentralisé de surveillance de la faune pourrait – et doit – être établi pour identifier les virus chez les animaux sauvages qui ont le potentiel d’infecter et de malades avant le début d’une nouvelle pandémie.

« Il est impossible de savoir à quelle fréquence les virus animaux se propagent dans la population humaine, mais les coronavirus à eux seuls ont provoqué des épidémies chez l'homme à trois reprises au cours des 20 dernières années. » a déclaré la co-auteur Jennifer A. Philips, MD, PhD, faisant référence aux épidémies de SRAS, MERS et COVID-19.

Il y a encore une décennie, il aurait été difficile de mener une surveillance mondiale à l'interface homme-faune. Mais en raison des progrès technologiques, il est désormais possible et abordable, et il n'a jamais été aussi évident de voir à quel point il est nécessaire. « 

Jennifer A. Philips, MD, PhD, professeure agrégée et codirectrice, Département de médecine, Division des maladies infectieuses, École de médecine de l'Université de Washington

Chaque animal possède son propre ensemble de virus, avec un certain chevauchement entre les espèces. Souvent, une espèce animale et ses virus vivent ensemble depuis si longtemps qu'ils se sont adaptés les uns aux autres, et les virus ne provoquent aucun symptôme ou seulement une maladie légère à modérée.

Mais lorsque différentes espèces animales qui n'ont normalement pas beaucoup de contacts sont réunies, les virus ont la possibilité de passer d'une espèce à l'autre.

La plupart des virus n'ont pas les outils génétiques pour infecter une autre espèce. Mais les virus avec de tels outils peuvent être mortels pour une espèce nouvellement infectée sans immunité naturelle.

L'activité humaine rend de plus en plus probables ces retombées. Alors que la population mondiale continue de croître, la demande de ressources naturelles monte en flèche.

Les gens poussent dans les zones sauvages pour faire de la place pour de nouvelles maisons et entreprises, et pour accéder aux ressources pour alimenter leurs économies et leurs modes de vie.

Les animaux sauvages sont capturés et vendus pour la consommation, ou comme animaux de compagnie exotiques sur les marchés de la faune, où diverses espèces sont mélangées dans des conditions de surpeuplement et d'insalubrité.

Les parties d'animaux sauvages sont expédiées dans le monde entier sous forme de bibelots ou d'ingrédients pour les médecines traditionnelles ou alternatives.

Et pourtant, aucun système international n'a été mis en place pour dépister les virus pathogènes associés au mouvement de la faune ou des produits de la faune.

« Dans la perspective de cet article, j'ai parlé à des amis et collègues du monde entier qui effectuent des recherches sur la faune à Madagascar, en Indonésie, au Pérou, en Équateur et leur ai demandé: » Où prenez-vous vos échantillons pour le dépistage? «  », A déclaré le co-auteur. Gideon Erkenswick, PhD, associé de recherche postdoctorale au laboratoire de Philips.

Erkenswick est également directeur de Field Projects International, une organisation à but non lucratif dédiée à l'étude et à la conservation des écosystèmes tropicaux.

« Dans presque toutes les situations, la réponse était 'Nulle part'. Localement, il n'y a personne avec du temps et des ressources dédiés pour faire ce travail. Pour trouver de nouveaux virus pathogènes, nous devons trouver des collaborateurs étrangers volontaires, puis obtenir des échantillons hors du pays, ce qui est difficile et coûteux. « 

Philips, Erkenswick et ses collègues du Wildlife Disease Surveillance Focus Group qui est l'auteur du document scientifique, suggèrent la création d'un réseau mondial de surveillance pour filtrer les animaux sauvages et leurs produits dans des points chauds tels que les marchés de la faune.

L'idée serait que des équipes locales de chercheurs et de techniciens extraient des génomes viraux d'échantillons d'animaux, les séquencent rapidement sur site et téléchargent les séquences dans une base de données centrale dans le cloud.

Le coût et la taille de l'équipement scientifique nécessaire ont baissé ces dernières années, ce qui rend ce dépistage abordable même dans les environnements à ressources limitées où se trouvent la plupart de ces points d'accès.

« Il y a maintenant un séquenceur génétique disponible qui a littéralement la taille d'une clé USB », a déclaré Erkenswick. « Vous pourriez apporter cela et quelques autres fournitures dans une forêt tropicale et analyser un échantillon pour des séquences associées à des virus pathogènes sur place en quelques heures. »

« Je veux dire, si vous faites une chance sur quelque chose comme le virus qui cause COVID-19, voulez-vous vraiment le collecter, le stocker, le transporter, risquer une exposition supplémentaire, la dégradation des échantillons et ajouter des mois ou des années de retard, avant tu vois ce que tu as? « 

« Il y a des gens qui ont l'expertise et les compétences pour faire ce genre de travail en toute sécurité un peu partout dans le monde, ils n'ont tout simplement pas reçu les outils. »

Une fois les séquences virales téléchargées, les chercheurs du monde entier pourraient aider à les analyser pour identifier les virus animaux qui peuvent constituer une menace pour les humains et pour mieux comprendre l'univers des virus qui prospèrent dans différents environnements.

En comparant les données de séquence génomique, les chercheurs peuvent identifier à quelle famille appartient un virus inconnu et dans quelle mesure il est lié à tout virus pathogène.

Ils peuvent également identifier si un virus porte des gènes associés à la capacité de provoquer des maladies chez l'homme.

« En connaissant la diversité et en suivant son évolution, nous pouvons nous assurer que nous gardons une longueur d'avance sur ce qui se trouve dans les populations d'animaux sauvages et à l'interface faune-homme », a déclaré Philips.

« Dans le passé, avant les transports modernes, les retombées auraient été locales et se sont propagées lentement, donnant aux gens ailleurs le temps de réagir. »

« Mais maintenant, le monde est si petit qu'un événement au même endroit met le monde entier en danger. Ce n'est pas le problème de quelqu'un d'autre. C'est le problème de tout le monde. »

La source:

École de médecine de l'Université de Washington

Référence de la revue:

Watsa, M. & Groupe de discussion sur la surveillance des maladies de la faune et al. (2020) Surveillance rigoureuse des maladies de la faune. Science. doi.org/10.1126/science.abc0017.

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