De nombreux cas ont été signalés dans lesquels des personnes immunodéprimées infectées par le coronavirus 2 du syndrome respiratoire aigu sévère (SRAS-CoV-2) ont continué à excréter le virus pendant bien plus longtemps que la durée habituelle. Un nouveau preprint publié sur le medRxiv * Le serveur décrit un patient immunodéprimé atteint de la maladie à coronavirus 2019 (COVID-19) qui a continué à répandre le virus pendant 154 jours stupéfiants. Pendant cette période, le virus a subi de nombreuses mutations.
Étude: émergence de multiples mutations du SRAS-CoV-2 chez un hôte immunodéprimé. Crédit d’image: NIAID
Après presque un an de COVID-19, le virus est apparu comme une nouvelle variante, maintenant appelée variante britannique. On pense que cette variante peut avoir une infectivité plus élevée et donc une plus grande transmissibilité. Le séquençage de cette variante, qui a eu lieu presque immédiatement, a permis des recherches plus approfondies sur la façon dont les mutations affectaient la structure de diverses protéines virales et les déterminants moléculaires de la transmission de la maladie. On pense que la diversité génétique survient au sein d’un hôte si le virus n’est pas soumis à une pression de sélection par la réponse immunitaire de l’hôte ou par des anticorps thérapeutiques.
L’étude actuelle décrit un de ces patients. L’individu a été infecté pendant plus de 134 jours et est finalement décédé de la maladie. Tout au long de l’évolution de la maladie, un virus se répliquant était présent dans les voies respiratoires. Le virus a également subi un certain nombre de mutations, par rapport à deux autres patients qui avaient un faible nombre de cellules B et à la plupart des autres personnes infectées par le SRAS-CoV-2.
La patiente était une femme dans la soixantaine qui est entrée à l’hôpital avec une maladie COVID-19 et un syndrome de détresse respiratoire aiguë (SDRA). Les symptômes étaient présents et s’aggravaient depuis deux semaines avant son admission. Elle a été mise sous oxygène à haut débit et plus tard sous ventilation mécanique. Elle est restée dans l’unité de soins intensifs jusqu’à sa mort, cinq mois après son admission.
Le patient avait des antécédents de lymphome folliculaire et avait reçu trois cycles de chimiothérapie, ainsi que l’anticorps anti-CD20 obinituzumab, qui épuise les cellules B. Ce traitement a été arrêté juste un mois avant sa présentation à l’hôpital. La patiente a été traitée avec des stéroïdes et du plasma de convalescence (CP), mais pas avec du remdesivir car elle avait également une insuffisance rénale.
Les échantillons des voies respiratoires supérieures et inférieures cliniques contenaient un virus vivant de réplication, avec des valeurs de seuil de cycle bas (Ct) sur la réaction en chaîne de la transcriptase-polymérase inverse (RT PCR) et des charges virales élevées, jusqu’à sa mort le 156e jour après le diagnostic. Le premier échantillon collecté a eu lieu au jour 20, que les chercheurs appellent le jour 0.
La séquence génomique de ce patient, ainsi que de deux autres patients atteints de lymphome avec déplétion des lymphocytes B traités dans la même unité en même temps, tous deux atteints de COVID-19 sévère sur une longue période, et également développé un SDRA. Les deux derniers patients se sont complètement rétablis.
Les cinq mutations qui ont défini la souche de ce patient comprennent D614G, 3037, 14408 et 241, ainsi qu’une suppression à la position 28881 de l’antigène de la nucléocapside. Parmi les autres mutations uniques trouvées chez ce patient, on peut citer une mutation observée uniquement dans le sud de l’Allemagne entre le 16 mars et le 11 mai 2020. En revanche, les deux autres patients n’ont eu le virus de réplication que pendant trois semaines au maximum, avec seulement une ou deux mutations dans 19 jours. Ceci est conforme au nombre attendu de mutations dans ce virus. En fait, le patient index avait également un nombre similaire de mutations pendant les 21 premiers jours.
La similitude du nombre et du schéma des mutations indique que les trois patients ont été infectés par la même source. Les mutations détectables ont plongé au jour 30, après deux doses de CP, mais cinq nouvelles mutations ont été établies à ce moment et ont persisté jusqu’au jour 134. Ainsi, 11 autres mutations se sont produites.
Le patient actuel a développé 16 mutations. En règle générale, les virus SARS-CoV-2 présentent 1 à 2 mutations par mois ou environ 24 000 mutations par génome et par an. Au cours des 134 jours, les échantillons génomiques viraux du patient ont été analysés, le nombre attendu de mutations serait de 8,6, mais à la place, il y avait un nombre inhabituel de mutations non synonymes, plus de trois fois le nombre de mutations synonymes.
Le patient n’a jamais développé de réponse anticorps spécifique détectable au virus, et les mutations ont suivi l’utilisation de CP.
Ces résultats ont conduit les chercheurs à commenter, « Jusqu’à présent, l’efficacité thérapeutique du plasma de convalescence a été décevante. Son utilisation doit être évaluée de manière critique chez les patients présentant une réplication virale prolongée. «
Ceci est important en ce que la pression externe d’anticorps spécifiques entraîne la sélection dans une large population virale chez un patient immunodéprimé dans une mesure inconnue. Cela pourrait conduire à l’émergence de mutations d’échappement et de variantes virales au fil du temps, rendant plus difficile le contrôle du traitement et du confinement du virus.
Les chercheurs spéculent également que les mutations de la nouvelle variante B1.1.7 peuvent être survenues chez un patient infecté de manière chronique. De telles études mettent en lumière la capacité de retracer l’évolution de l’adaptation virale lors d’une infection chronique afin d’aider à comprendre comment les facteurs de l’hôte influencent le génome viral. Cela serait important dans le développement d’agents préventifs et thérapeutiques.
*Avis important
medRxiv publie des rapports scientifiques préliminaires qui ne sont pas évalués par des pairs et, par conséquent, ne doivent pas être considérés comme concluants, guider la pratique clinique / les comportements liés à la santé, ou traités comme des informations établies.
