Soulignant le rôle clé de la surveillance génomique pour garder un œil sur la propagation du SRAS-CoV-2, un nouveau medRxiv* La préimpression montre comment une nouvelle variante appelée B.1.1.318 est devenue dominante dans le petit pays insulaire de Maurice, dans l’océan Indien.
Signalée pour la première fois par Public Health England, cette souche a été introduite à Maurice par un seul passager, en plus d’autres passagers transportant les COV Beta (B.1.351) et Alpha (B.1.1.7). Il a provoqué une deuxième épidémie ici, dominant 154 séquences qui représentaient un peu plus d’un dixième de toutes les infections.
Sommaire
Arrière-plan
Depuis le début de la pandémie de maladie à coronavirus 2019 (COVID-19), causée par le pathogène SARS-CoV-2, la surveillance génomique a permis de suivre l’émergence et la propagation de nouvelles variantes à travers le monde. Les génomes séquencés sont téléchargés sur des plateformes en libre accès telles que l’Initiative mondiale pour le partage de toutes les données sur la grippe (GISAID), qui contient déjà plus de 1,6 million de séquences presque complètes.
La surveillance génomique active a permis l’identification précoce de trois variantes préoccupantes du SRAS-CoV-2 (COV), Alpha (B.1.1.7) (8), Beta (501Y.V2/B.1.351) (9) et Gamma (P .1). Ceux-ci portent de multiples mutations du gène de pointe qui altèrent la protéine, réduisant ainsi sa susceptibilité à la reconnaissance par des anticorps anti-spike ou conférant une transmissibilité ou une pathogénicité plus élevée.
Les schémas des voyages aériens dans le monde ont énormément contribué à la présence rapide et généralisée de la propagation virale. Alors que la plupart des pays ont fermé leurs frontières à la suite de l’impact de la première vague, la deuxième vague de controverse concernant la nécessité de restrictions et de quarantaine des voyageurs a été déclenchée par l’identification des COV.
L’histoire de la première vague à Maurice
L’île Maurice ne compte que 1,2 million d’habitants et a connu une petite première vague en mars 2020. Elle nécessitait déjà des quarantaines de 14 jours pour tous les voyageurs entrants en provenance de pays à haut risque. L’identification des premiers cas a conduit à la mise en place d’un confinement strict et de la fermeture de tous les points d’entrée dans le pays.
Cette épidémie a été contrôlée par environ 340 pays. Les interdictions de voyager ont finalement été assouplies le 1er octobre 2020, sous réserve de quarantaines supervisées de 14 jours et de tests de tous les passagers entrants par amplification en chaîne par polymérase transcriptase inverse (RT PCR) avant d’être autorisés à entrer dans la communauté en général.
Une fois les COV récupérés, les voyageurs venant directement du Royaume-Uni et d’Afrique du Sud étaient restreints. Un an après la première vague, en mars 2021, un deuxième groupe local de cas a été détecté, suivi de plus de 650 cas locaux. Des tests stricts, la recherche des contacts et l’isolement des cas ont permis de contrôler cette vague.
Après la levée de l’interdiction de voyager, les variantes bêta d’Afrique et d’Europe, et de la variante alpha d’Europe, ont été séquencées respectivement six et deux fois. D’autres génomes séquencés comprenaient un A.23.1, trois des B.1.177.4 et deux de la lignée B.1.36. Cependant, aucun de ceux-ci n’a débordé dans la communauté.
La deuxième vague
Le premier cas local réel marquant le début de la deuxième vague a été signalé le 5 mars 2021. Plusieurs milieux de ménage, de travail et d’établissement de santé ont ensuite été identifiés, suivi du deuxième confinement le 9 mars 2021. Séquençage de 120 cas de la deuxième vague, répartis sur les zones touchées, ont montré que tous appartenaient à la lignée variante B.1.1.318.
Ceci est défini par 14 mutations de pointe. Plusieurs d’entre eux, tels que les mutations immunitaires E484K, Y144del et probablement T95I, et le P681H favorisant la transmissibilité, sont partagés par les variants alpha et/ou bêta. Étant donné que toutes ces mutations déterminantes évoluent également, les scientifiques ont conclu que la deuxième vague était le résultat d’une seule introduction de B.1.1.318.
L’introduction à Maurice semble avoir eu lieu à la mi-février 2021, depuis l’Europe. Bien que le pays ait empêché l’introduction de variantes alpha et bêta à propagation rapide après la levée des interdictions de voyager, malgré leur identification chez plusieurs voyageurs mis en quarantaine, ces mesures ont permis à cette variante d’entrer – une seule fois – et cela a provoqué une épidémie locale importante.
Le point d’entrée par lequel cette souche a été introduite dans la communauté à partir du système de quarantaine des voyageurs n’a pas encore été identifié et pourrait le rester s’il résultait d’un transit via des hubs de voyage, puisque les pays qui ont signalé les plus proches parents de cette variante étaient fermé à Maurice en février.
Quelles sont les implications ?
Aucun autre pays n’a signalé cette variante comme étant responsable de la majorité des cas. Pourtant, il a contribué à un cinquième des séquences du Gabon, en Afrique, et à 7% des séquences du Togo. De plus, il a été signalé à plusieurs reprises au Royaume-Uni, aux États-Unis, en Allemagne et en Irlande, depuis le début de la pandémie.
Les résultats suggèrent que cette variante est apparue au Nigeria en décembre 2020, s’est propagée par de multiples introductions en Europe le mois suivant, suivies d’une transmission communautaire. De même, il a été introduit en Amérique du Nord le même mois, encore une fois par des voyageurs d’Afrique, avec des introductions répétées d’Europe au cours des deux mois suivants. Il a été introduit en Asie fin janvier 2021 mais ne semble pas s’être propagé davantage. Cette lignée n’a réussi à supplanter d’autres variantes qu’à Maurice et en Grèce jusqu’à présent. Il est donc important de comprendre la biologie du virus responsable de ce phénomène.
Les quatre mutations de pointe définissant dans cette variante sont toutes adaptatives, ayant surgi sous des pressions de sélection positives. Certains d’entre eux peuvent provoquer une fuite d’anticorps mais sans entraver l’efficacité du vaccin. D’autres, comme la mutation P681H, peuvent affecter la transmissibilité virale.
Les chercheurs écrivent :
En conclusion, la surveillance génomique du SRAS-CoV-2 à Maurice a démontré une deuxième vague dominée par un VUI, malgré les tests PCR et la quarantaine empêchant efficacement la transmission locale d’autres variantes. Ce rapport souligne également la nécessité d’une surveillance génomique continue pour bien comprendre la dynamique de transmission du VUI à Maurice.. «
*Avis important
medRxiv publie des rapports scientifiques préliminaires qui ne sont pas évalués par des pairs et, par conséquent, ne doivent pas être considérés comme concluants, orienter la pratique clinique/le comportement lié à la santé, ou traités comme des informations établies.