La pandémie de coronavirus en cours de 2019 (COVID-19), causée par le coronavirus 2 du syndrome respiratoire aigu sévère (SRAS-CoV-2), se propage toujours dans le monde. Sa propagation est alimentée par l’émergence de variantes plus récentes et plus infectieuses telles que la variante B.1.1.7, qui est apparue au Royaume-Uni vers la fin de 2020.
Une nouvelle pré-impression sur le medRxiv * Le serveur décrit la montée imminente de la domination de la variante B.1.1.7 aux États-Unis. Comprendre cette évolution aidera à façonner une action préventive pour réduire les taux d’infection et de mortalité.
La variante B.1.1.7
La lignée SARS-CoV-2 Variant of Concern (VOC) 202012/01 (aka 501Y.V1; B.1.1.7) a été identifiée pour la première fois au cours du second semestre 2020. Sa détection précoce était due à un séquençage rapide et à grande échelle du SRAS-CoV-2 au Royaume-Uni, dans le cadre du programme de surveillance génomique de ce pays.
La variante britannique partage la mutation N501Y avec les variantes sud-africaine et brésilienne, mais présente également des mutations supplémentaires. Ces mutations «signature» comprennent une délétion à 69/70, une délétion à 144, ainsi que A570D, D614G, P681H, T716I, S982A et D1118H.
La variante britannique est 40 à 70% plus infectieuse que les autres variantes, peut-être parce que le N501Y améliore l’affinité de liaison de la protéine de pointe SARS-CoV-2 avec le récepteur de la cellule hôte, l’enzyme de conversion de l’angiotensine 2 (ACE2). De plus, cela peut entraîner des taux de mortalité jusqu’à 30% plus élevés.
Les tests de réaction en chaîne par polymérase (PCR) utilisés pour diagnostiquer l’infection par le SRAS-CoV-2 peuvent offrir un indice important de la présence de telles lignées virales. Ceci est dû au fait qu’ils ont des séquences significativement différentes sur les sites de sonde cibles utilisés dans le test. Le variant britannique a une suppression à l’emplacement 69/70, ce qui conduit généralement à la non-détection du gène S par des tests PCR basés sur les souches parentes.
C’est ce qu’on appelle l’échec de la cible du gène S (SGTF). Dans les échantillons montrant la SGTF au Royaume-Uni, le pourcentage de souches B.1.1.7 est passé de 3% à plus de 90%, au cours de la période commençant la semaine du 12 octobre 2020 et se terminant la semaine du 30 novembre 2020.
Augmentation de la proportion de B.1.1.7 au sein de la SGTF
L’étude actuelle a exploré la propagation et la prévalence de cette variante aux États-Unis. Les chercheurs n’ont sélectionné que des échantillons SGTF pour le séquençage, car ces échantillons sont automatiquement enrichis pour B.1.1.7. La base de données comprenait tous les échantillons positifs au SRAS-CoV-2 testés dans les installations d’Helix à partir de juillet 2020, environ un demi-million en tout.
Le test Helix pour COVID-19 teste trois antigènes cibles, le pic (S), la nucléocapside (N) et l’ORF1ab (cadre de lecture ouvert 1ab). Si un échantillon détectait à la fois le N et l’ORF1ab mais pas le pic, il était appelé un échantillon SGTF.
Dès le début d’octobre 2020, le SGTF basse fréquence a commencé à être vu de manière cohérente, représentant 0,2% des tests positifs quotidiens au 18 octobre. En janvier 2021, il est passé de 0,8% à 4,2% de la première semaine à la dernière. De tous les échantillons de la SGTF, 3,6% étaient de la lignée B.1.17.
En outre, des échantillons de la SGTF ont été trouvés dans 22 des 53 États et territoires américains en janvier 2021, représentant plus de 1% dans de nombreux endroits, mais avec une distribution inégale.
Identification de B.1.1.7 par séquençage
Le séquençage des 460 échantillons SGTF obtenus de décembre 2020 à janvier 2021, ils ont trouvé que 45% étaient de la variante B.1.1.7 dans dix États. Au moins un cas a été signalé comme étant causé par cette variante dans 33 États et territoires, au total, en utilisant les données de tous les laboratoires d’essai.
Dans l’étude actuelle, près de la moitié provenait de Californie et un peu moins de Floride. Ces deux états constituaient près de 180 des séquences B.1.1.7.
Les séquences Florida contenaient le plus souvent une mutation supplémentaire K1191N ainsi que, dans un seul cas, la mutation d’échappement immunitaire Q493K.
Augmentation du taux de croissance de B.1.1.7 aux USA
Les chercheurs ont également constaté que B.1.1.7 représentait 90% de tous les échantillons de la SGTF à la mi-janvier 2020, d’un maximum de 95% en Californie à un minimum de 70% en Floride. À la fin du mois, cette variante causait 2% de tous les cas de COVID-19 dans le pays, avec une augmentation de la transmissibilité de 35 à 46%. Le temps de doublement pour cette variante a été estimé à environ 10 jours aux États-Unis dans l’ensemble, à environ 12 jours et à environ 9 jours en Californie et en Floride, respectivement.
Plusieurs introductions
Les chercheurs ont également découvert que la plupart des séquences B.1.1.7 aux États-Unis appartenaient à deux clades majeurs, introduits indépendamment en Californie. Les clades plus petits représentaient huit autres introductions, comme le clade GA, contenant trois séquences de Géorgie. Il y avait 19 souches uniques causées par encore d’autres introductions indépendantes.
La première introduction a été reflétée par le clade CA1, qui a initié une propagation communautaire soutenue en Californie en novembre 2020. Depuis lors, plusieurs clades ont été amenés à plusieurs reprises dans le pays jusqu’à présent. La variante B.1.1.7 s’est également répandue entre États et territoires depuis décembre 2020 au moins.
Quelles sont les implications?
Bien que les variants B.1.1.7 soient maintenant à une faible proportion des variants viraux en circulation aux États-Unis, il croît à un taux beaucoup plus élevé (une augmentation de 35 à 45%) par rapport aux autres souches. En fait, son temps de doublement indique que le nombre d’infections causées par cette variante double tous les 10 jours.
Ces résultats sont cohérents avec ceux d’autres pays, et étant donné la trajectoire actuelle de B.1.1.7 aux États-Unis, il est presque certainement destiné à devenir la lignée dominante du SRAS-CoV-2 d’ici mars 2021 dans de nombreux États américains.. »
Des recherches supplémentaires seront nécessaires, comme un programme national de surveillance solide impliquant le séquençage génomique, pour comprendre la prévalence réelle de cette variante dans le pays. Son introduction, la directionnalité de la diffusion et l’origine sont encore inconnues. Cependant, les introductions semblent être associées à des périodes de fort voyage, avec plus d’un million de voyageurs traversant les points de contrôle par jour.
Il s’agit notamment de la haute saison de Thanksgiving ainsi que des périodes de vacances de Noël et du Nouvel An. L’origine semble donc être une introduction via les voyages internationaux, qui se répandent rapidement au sein de la communauté.
La variante B.1.1.7 représente désormais 90% des échantillons SGTF et son taux de croissance accru rend probable qu’il sera bientôt simple de surveiller sa propagation en utilisant des pourcentages SGTF. Cependant, une surveillance génomique accrue est essentielle pour évaluer et suivre les nouvelles variantes qui émergent, éventuellement avec une transmissibilité et une virulence plus élevées.
À moins que des mesures de santé publique décisives et immédiates ne soient prises, l’augmentation du taux de transmission de ces lignées et le nombre de reproduction efficace plus élevé résultant du SRAS-CoV-2 auront probablement des conséquences dévastatrices sur la mortalité et la morbidité du COVID-19 aux États-Unis dans quelques mois, si une action décisive n’est pas prise immédiatement. »
*Avis important
medRxiv publie des rapports scientifiques préliminaires qui ne sont pas évalués par des pairs et, par conséquent, ne doivent pas être considérés comme concluants, guider la pratique clinique / les comportements liés à la santé, ou traités comme des informations établies.
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