L’agent étiologique de la maladie à coronavirus 2019 (COVID-19) – coronavirus 2 du syndrome respiratoire aigu sévère (SRAS-CoV-2) – a été identifié pour la première fois à Wuhan, en Chine, en décembre 2019. Depuis lors, le virus a infecté plus de 107 millions de personnes dans le monde et a causé plus de 2,4 millions de morts. En raison de sa transmissibilité élevée, il a été difficile de contenir le virus dans une région épidémique.
Vers la fin de 2020, une nouvelle variante du SRAS-CoV-2 (lignée B.1.1.7) a émergé en Angleterre et une autre, (B.1.351), également connue sous le nom de 501Y.V2, en Afrique du Sud. On observe que les deux ont une transmissibilité accrue, certaines études préliminaires suggérant même une augmentation de la virulence de ces mutations.
Dans un nouveau développement inquiétant, une équipe de recherche interdisciplinaire d’Ouganda et du Royaume-Uni rapportent l’émergence et la propagation d’une nouvelle variante du SRAS-CoV-2 de la lignée A avec de multiples changements protéiques dans tout le génome viral. Les chercheurs ont récemment publié leurs résultats dans une pré-impression sur le medRxiv * serveur.
Les chercheurs rapportent les sous-lignées A émergentes, A.23 et A.23.1 du SARS-COV-2.
L’équipe de recherche rapporte que la sous-lignée A.23.1 est la principale lignée virale maintenant observée dans la région de Kampala en Ouganda. On rapporte que cette sous-lignée code pour plusieurs protéines de pointe, nsp6 (protéine non structurale), ORF8 et ORF9 (cadres de lecture ouverts 8 et 9) changements de protéines. Certains de ces remplacements devraient être fonctionnellement similaires à ceux observés dans les variantes préoccupantes de la lignée B (COV).
La région de Kampala est devenue un épicentre de la transmission virale dans le pays; 60 à 80% des nouveaux cas quotidiens du pays y ont été identifiés, de juin 2020 à janvier 2021. Les chercheurs ont généré les données de la séquence génomique du SRAS-CoV-2 pour surveiller les mouvements du virus et ses changements.
Les chercheurs rapportent également que dans toute l’épidémie de la région, 39% des souches peuvent être classées comme la lignée B majeure, alors que 61% appartiennent à la lignée A. Il est intéressant de noter que lorsque le transport était caractérisé par des déplacements terrestres (principalement des mouvements de chauffeurs routiers) et l’absence de vols, les souches de la lignée B.1 prédominaient. Au cours de leur étude, cependant, les chercheurs ont découvert de manière inattendue que, presque exclusivement, les virus de la lignée A se trouvaient dans la région de Kampala jusqu’à fin janvier 2021.
Parce que les chercheurs identifient la souche de la lignée A comme provenant d’un chauffeur de camion (souche UG053) comme basale à la variante A.23 nouvellement émergente, ils recommandent une surveillance continue de tous les chauffeurs de camion transitant vers et depuis l’Ouganda. Cela aidera à mieux comprendre l’entrée et la sortie d’un pays à l’autre, ainsi que la circulation des souches dans cette région, où la surveillance génomique (à grande échelle) n’est toujours pas exhaustive.
Notamment, les séquences génomiques de 6 cas létaux ougandais appartenaient à deux lignées A.25 et B.1.393. Alors que la lignée A du SRAS-CoV-2 est moins répandue que la lignée B en Europe, au Royaume-Uni et aux États-Unis, la présence de virus de la lignée A provenant de cas mortels dans toute l’Ouganda indique que cette lignée circule dans le pays et est capable de infection.
Pour surveiller l’épidémie plus en détail, les chercheurs ont généré les séquences du génome complet du SRAS-CoV-2 à partir d’échantillons positifs au SRAS-CoV-2 en Ouganda. À partir de cette analyse, les chercheurs présentent un arbre phylogénétique à maximum de vraisemblance comparant toutes les séquences disponibles en Ouganda complètes et à couverture élevée.
Plusieurs lignées variantes ont été observées à de basses fréquences et seulement brièvement et peuvent avoir subi une extinction apparente, similaire aux modèles observés au Royaume-Uni et en Écosse, écrivent les chercheurs.
Les chercheurs ont également découvert que les épidémies de SRAS-CoV-2 dans et autour des prisons étaient la lignée A.23, avec trois changements d’acides aminés (aa) codés dans le domaine S1 exposé de la protéine de pointe (F157L, V367F et Q613H ).
Alors que la séquence du virus A.23.1 codait pour 4 ou 5 changements d’acides aminés dans la protéine de pointe plus des changements de protéines supplémentaires dans nsp3, nsp6, ORF8 et ORF9.
Un graphique des changements de nucléotides au fil du temps pour les virus de la lignée A ougandaise a montré un taux d’évolution constant d’environ 2 changements de nucléotides par mois qui a été observé pour le SRAS-CoV-2 tout au long de la pandémie.
Tous les organismes mutent. Les virus présentent les taux de mutation par paire de bases par génération les plus élevés. Cette étude rapporte l’émergence et la propagation d’une nouvelle variante du SRAS-CoV-2 de la lignée A (A.23.1) avec de multiples changements protéiques dans tout le génome viral.
La diffusion d’une nouvelle variante avec une transmissibilité et / ou une virulence accrues peut exercer plus de pression sur le système de santé – et finalement entraîner un taux de mortalité plus élevé. Il existe également un risque que de nouvelles variantes compromettent les vaccins et thérapies actuels, visant à prévenir ou à atténuer le COVID-19, basés sur des souches antérieures.
À partir d’un examen des données génomiques du SRAS-CoV-2 de GISAID, les chercheurs ont observé que les sous-lignées A.23 et A.23.1 circulent maintenant dans 12 pays en dehors de l’Ouganda (d’Afrique, d’Asie, d’Europe, d’Amérique du Nord et Océanie); cela indique le mouvement global des variantes nouvellement émergentes.
Cette étude souligne également l’importance d’une surveillance génomique rapide des agents pathogènes infectieux ainsi que la nécessité de surveiller étroitement les mouvements du virus. Les changements importants observés dans la protéine de pointe – qui peuvent avoir un impact sur la transmission, l’infection et la sélection immunitaire – sont essentiels pour comprendre l’évolution du virus et justifient des études supplémentaires sur les conséquences fonctionnelles.
Bien que l’impact clinique de la variante A.23.1 ne soit pas encore clair, il est essentiel de continuer à surveiller attentivement cette variante, ainsi qu’une évaluation rapide des conséquences des changements de protéines de pointe sur l’efficacité du vaccin.
*Avis important
medRxiv publie des rapports scientifiques préliminaires qui ne sont pas examinés par des pairs et, par conséquent, ne doivent pas être considérés comme concluants, orienter la pratique clinique / les comportements liés à la santé, ou traités comme des informations établies.