Les chercheurs ont développé une méthode automatisée d’extraction d’ARN à partir d’échantillons de salive pour permettre des temps de traitement plus rapides et une sensibilité de test élevée. Les tests de salive pourraient être utilisés comme une alternative aux tests sur écouvillon pour la surveillance de la maladie à coronavirus 2019 (COVID-19).
De nombreux cas de COVID-19, la maladie causée par le coronavirus 2 du syndrome respiratoire aigu sévère (SRAS-CoV-2), sont asymptomatiques. La détection de ces cas asymptomatiques est importante pour freiner la propagation de la maladie.
Le dépistage du SRAS-CoV-2 est généralement effectué par des praticiens de la santé grâce à la collecte de prélèvements nasaux ou de gorge ou d’échantillons de salive. Cependant, comme cela peut prendre du temps et coûter cher, plusieurs laboratoires ont récemment étudié l’utilisation d’échantillons auto-collectés. La salive est une option intéressante car elle est plus facile à collecter et il a été prouvé qu’elle détecte l’acide ribonucléique (ARN) du SRAS-CoV-2, qui est son matériel génétique. L’autocueillette d’échantillons de salive augmentera les échantillons prélevés dans une population, mais exigera également des méthodes d’analyse plus rapides.
Plusieurs tests de salive utilisent la RT-qPCR directe, éliminant l’extraction d’acide nucléique, mais cela réduit la sensibilité. Pour permettre des tests plus rapides du SARS-CoV-2 dans la salive tout en améliorant la sensibilité, des chercheurs américains de l’Université de Californie à Berkeley et du Washington Hospital Healthcare System Clinical Laboratory en Californie rapportent une méthode d’extraction automatisée de l’ARN du SARS-CoV-2 dans salive. Ils ont rendu compte de leurs résultats sur medRxiv * serveur de pré-impression.
Extraction robotique d’ARN de la salive
Les participants à l’étude IGI-FAST de l’Université de Californie à Berkeley ont auto-collecté environ 1 ml d’échantillon de salive dans des tubes de prélèvement DNA Genotek OMNIgene dans des kiosques installés sur le campus. L’équipe a utilisé une procédure de pré-extraction en deux étapes, en incubant les échantillons à 50 ° C pendant deux heures et à 65 ° C pendant 30 minutes, pour inactiver le virus.
Pour le placage d’échantillons robotisé et l’extraction d’ARN, les auteurs ont dilué l’échantillon de salive dans une solution qui perturbe la structure de l’ADN, ou une solution chaotropique. Cela a permis une détection améliorée de l’ARN.
En utilisant des échantillons de salive de participants négatifs au COVID-19, les chercheurs ont déterminé la limite de détection du test en ajoutant un ARN de contrôle positif ou un virus SARS-CoV-2 inactivé aux échantillons. Ils ont découvert que le test pouvait détecter jusqu’à 3000 copies d’ARN / ml et 50% de dose infectieuse de culture tissulaire (DICT50) / ml. L’équipe a testé 20 autres échantillons avec de l’ARN viral ajouté pour confirmer la robustesse de la méthode de test robotique.
L’équipe a ensuite testé leur procédure de laboratoire dans un environnement réel (sur le campus), à l’aide de l’étude IGI-FAST. L’étude s’est déroulée de juin à octobre 2020, portant sur 3 653 participants et environ 12 000 échantillons de salive. Au cours des trois premières semaines, environ 6% des échantillons ont donné des erreurs lors des tests. Ainsi, l’équipe a modifié sa procédure de laboratoire pour la rendre plus robuste.
Bien que l’équipe ait testé des échantillons de salive groupés, elle a trouvé de nombreuses erreurs d’échantillon insuffisantes, annulant les avantages de la mise en commun des échantillons. En outre, cela a augmenté les délais d’exécution des tests et a été difficile à gérer sur le plan logistique. Ainsi, l’équipe a recommencé à tester des échantillons de salive individuels.
Les auteurs ont comparé leur test de salive avec des échantillons nasopharyngés des mêmes individus; ce dernier a été testé en utilisant à la fois les méthodes standard et la méthode robotique. Il y avait environ 73% de concordance positive entre l’écouvillon et les échantillons de salive.
Le bon et le mauvais de tester la salive
Les résultats ont permis à l’équipe d’identifier plusieurs avantages et inconvénients des tests de salive pour le SRAS-CoV-2. L’extraction et le traitement automatisés d’acide nucléique à partir de la salive étaient très sensibles, mais la qualité de la salive était très variable, ce qui affecte les processus d’extraction et d’amplification. En outre, les quantités d’échantillons étaient insuffisantes à partir des échantillons de salive par rapport aux prélèvements de nez et de gorge, ce qui empêchait d’exécuter des échantillons groupés.
Les auteurs et d’autres ont découvert que les échantillons de salive testés deux jours ou plus après le prélèvement sont plus faciles à extraire et à traiter. Ainsi, «Un élément clé à retenir de ce travail est l’importance de réaliser des expériences de validation avec des échantillons de salive fraîchement prélevés dans la population cible pour s’assurer que les performances du test sont évaluées en fonction des applications réelles du test», écrivent les auteurs.
Les échantillons de salive étaient également moins sensibles cliniquement que les échantillons sur écouvillon. Cela pourrait être dû à la variance des charges virales à différents sites du corps ou au stade de l’infection au cours de la période de prélèvement des échantillons. Les auteurs ont également eu du mal à obtenir le consentement des patients hospitalisés, car beaucoup étaient trop faibles pour fournir un échantillon. Ainsi, le prélèvement d’échantillons de salive nécessite une participation active du patient. Plusieurs autres laboratoires ont également eu des difficultés à tester des échantillons de salive et ont continué à tester des écouvillons.
Malgré les défis, les auteurs écrivent que les tests de salive sont une alternative importante et complémentaire aux tests sur écouvillon. L’équipe continue de proposer son test salivaire comme méthode de surveillance sur le campus de l’UC Berkeley, généralement fourni sous forme de test à domicile pour permettre de tester des groupes cibles plus petits ou des personnes qui ne sont pas capables de tolérer les tests sur écouvillon.
*Avis important
medRxiv publie des rapports scientifiques préliminaires qui ne sont pas évalués par des pairs et, par conséquent, ne doivent pas être considérés comme concluants, guider la pratique clinique / les comportements liés à la santé, ou traités comme des informations établies.
