Des chercheurs du département de la Santé de l’État de New York aux États-Unis ont déclaré que les mutations au sein de la lignée B.1.526 du coronavirus 2 du syndrome respiratoire aigu sévère (SRAS-CoV-2) qui sont récemment devenues répandues dans l’État de New York justifient une surveillance plus approfondie.
Le virus SRAS-CoV-2 est l’agent responsable de la pandémie de maladie à coronavirus 2019 (COVID-19) qui continue de balayer le monde, ce qui constitue une menace pour la santé publique et l’économie mondiale.
Erica Lasek-Nesselquist et ses collègues affirment qu’en plus d’acquérir la mutation E484K, connue pour aider le virus à échapper aux anticorps neutralisants, la lignée B.1.526 héberge déjà une substitution D235G qui pourrait également aider à réduire l’efficacité des anticorps neutralisants.
Les mutations E484K et D235G sont localisées dans une protéine virale appelée spike – la principale structure de surface que SARS-CoV-2 utilise pour se lier et pénétrer dans les cellules hôtes.
Au stade initial du processus d’infection, le domaine de liaison au récepteur (RBD) de la pointe se fixe à l’enzyme 2 de conversion de l’angiotensine (ACE2) du récepteur de la cellule hôte. Cette interaction de pointe RBD-ACE2 est la principale cible des anticorps neutralisants suite à une infection par le SRAS-CoV-2.
En outre, une autre mutation – S477N – est apparue au sein de la lignée B.1.526 qui est associée à une affinité accrue de liaison au récepteur ACE2 et à une résistance à la neutralisation par des anticorps monoclonaux.
Les chercheurs affirment que la combinaison des mutations E484K, S477N et D253G qui pourraient conférer une fuite immunitaire justifie une surveillance plus poussée.
Une version pré-imprimée du document de recherche est disponible sur le medRxiv* serveur, tandis que l’article est soumis à un examen par les pairs.
Plusieurs variantes de préoccupation sont apparues au cours des derniers mois
Plusieurs variantes préoccupantes du SRAS-CoV-2 sont apparues au niveau international au cours des derniers mois. Il s’agit notamment de la variante B.1.1.7 identifiée au Royaume-Uni en septembre 2020, la variante B.1.351 identifiée en Afrique du Sud en octobre 2020 et la variante P.1 détectée au Brésil en décembre 2020.
Les trois lignées hébergent un ensemble de mutations dans la protéine de pointe virale qui est cruciale pour le stade initial de l’infection.
Fréquence relative des lignées SARS-CoV-2 avec mutations E484K dans l’État de New York. Le nombre de génomes du SRAS CoV-2 attribués aux lignées contenant E484K en fonction du temps. Les lignées incluses contenaient au moins un génome avec une mutation E484K dans l’ensemble de données de l’État de New York.
Les mutations K417N et E484K trouvées dans B.1351 et P.1 sont particulièrement préoccupantes car elles réduisent considérablement l’activité de neutralisation des anticorps monoclonaux et du plasma convalescent.
Cependant, «alors que les efforts de surveillance ont augmenté aux États-Unis, le pays n’a pas encore atteint le séquençage recommandé de 5% de tous les cas de COVID-19 afin de détecter les variants avant qu’ils n’atteignent une prévalence élevée dans la population», explique Pata et l’équipe. .
Changement de fréquence de B.1.526 et d’autres lignées dans l’État de New York. Le nombre de génomes affectés à certaines lignées de SRAS-CoV-2 circulant dans l’État de New York en fonction du temps. Seules les lignées de 10 génomes ou plus provenant d’échantillons prélevés au cours des 14 derniers jours ont été incluses.
Qu’ont fait les chercheurs?
Pata et ses collègues ont analysé les mutations présentes dans plus de 10 000 génomes du SRAS-CoV-2 de New York qui ont été catalogués par NextClade.
L’équipe rapporte l’émergence de la mutation E484K au sein de la lignée B.1.526 qui est devenue 26 fois plus répandue dans l’État de New York en un peu plus d’un mois.
Augmentation de la fréquence de la variante B.1.526 E484K dans la région métropolitaine de New York. En partant du coin supérieur gauche, chaque panneau comprend une période de sept jours du 16/12/2020 au 03/02/2021 montrant l’augmentation des variantes B.1.526 484K (points rouges). Les points rouges sont proportionnels au nombre total de variantes trouvées dans une zone.
Les chercheurs disent que puisque la mutation E484 est située dans le pic RBD – à l’interface avec le récepteur ACE2 – elle pourrait augmenter l’affinité de liaison et contribuer aux taux déjà considérablement augmentés de variantes B.1.526 484K à New York.
«D’autres mutations présentes dans B.1.526 n’expliquent probablement pas l’augmentation de la transmission», écrit l’équipe.
Qu’en est-il des mutations D235G et S477N?
La lignée B.1.526 héberge également cinq autres substitutions d’acides aminés dans la protéine de pointe. L’une de ces substitutions – D253G – se produit dans la boucle «supersite» du domaine N-terminal (NTD) du pic et est un résidu clé qui interagit avec la plupart des anticorps neutralisants ciblant les NTD. Cette mutation D235G pourrait donc contribuer à réduire l’efficacité des anticorps neutralisants.
Les résidus ont muté dans la protéine de pointe B.1.526. Les résidus 452, 477, 484 et 501 sont situés à ou près de l’interface de la RBD avec le récepteur ACE2 (panneau de gauche; PDB ID 6M17, Yan et al., 2020). Le résidu 253 est situé dans une petite boucle désordonnée dans la NTD près de l’interface avec l’anticorps neutralisant 4A4 (panneau de droite; PDB ID 7C2L, Chi et al., 2020). Figure préparée à l’aide du PyMOL Molecular Graphics System v2.3.5 (Schrödinger, LLC).
En outre, une autre mutation – S477N – qui est associée à une affinité accrue de liaison au récepteur ACE2 et à une résistance à la neutralisation des anticorps est apparue au sein de la lignée B.1.526.
Désormais, les variantes de pointes E484K et S477N comprennent actuellement la majorité des cas B.1.526, selon Pata et ses collègues.
«Nous notons l’émergence de nouvelles variantes dans la lignée B.1.526, qui hébergent désormais des mutations E484K ou S477N en plus du changement déjà présent du D253G», écrivent-ils.
Les mutations ont contribué à faire de B.1.526 la cinquième lignée la plus abondante
Les chercheurs affirment que, collectivement, ces variantes représentent désormais 81% des génomes du SRAS-CoV-2 B.1.526 dans l’État de New York, contribuant à en faire la cinquième lignée la plus abondante depuis sa détection à la mi-décembre.
«La combinaison de E484K ou S477N avec une mutation D253G qui pourrait conférer une fuite immunitaire et l’augmentation du nombre de cas de COVID-19 associés à ces variantes justifie une surveillance plus approfondie», conclut l’équipe.
*Avis important
medRxiv publie des rapports scientifiques préliminaires qui ne sont pas évalués par des pairs et, par conséquent, ne doivent pas être considérés comme concluants, guider la pratique clinique / les comportements liés à la santé, ou traités comme des informations établies.
