Alternative prometteuse de salive aux écouvillons des voies respiratoires supérieures pour le diagnostic du SRAS-CoV-2

Le test de diagnostic standard pour l'infection par le coronavirus 2 du syndrome respiratoire aigu sévère (SRAS-CoV-2) est le test de réaction en chaîne par transcriptase-polymérase inverse (RT-PCR). Maintenant, une nouvelle étude publiée sur le serveur de préimpression medRxiv* en juillet 2020 décrit l'utilisation de la salive comme échantillon dans la RT-PCR pour le diagnostic à la place des écouvillons nasopharyngés ou oropharyngés.

Étude: La salive offre une alternative sensible, spécifique et non invasive aux écouvillons des voies respiratoires supérieures pour le diagnostic du SRAS-CoV-2. Crédit d'image: Sarah Weldon / Shutterstock

La nécessité d'une nouvelle méthode d'échantillonnage

Étant donné que l'excrétion virale n'est pas continue, plusieurs tampons des voies aériennes supérieures peuvent être nécessaires pour obtenir un résultat précis.

Deuxièmement, le processus de collecte des écouvillons des voies respiratoires supérieures déclenche souvent des éternuements et de la toux, ce qui pourrait provoquer une propagation accrue et empêcher l'individu d'être à nouveau testé. Selon la compétence de l'opérateur, le test peut également provoquer une gêne. De plus, la technique dépend fortement de la disponibilité des écouvillons et des milieux d'essai, et des goulots d'étranglement importants sont déjà évidents.

La présente étude traite donc de la possibilité d'utiliser la salive comme source alternative d'échantillonnage non invasive. De nombreuses études ont déjà signalé l'augmentation de la sensibilité et de la cohérence des résultats avec les échantillons de salive par rapport aux écouvillons des voies aériennes supérieures, mais leur petite taille était une limite à la généralisation. De plus, plusieurs de ces études n'ont pas rapporté la spécificité du test ni les limites de détection (LOD) du virus.

Les chercheurs ont cherché à étudier la sensibilité de la salive, à établir la LOD et à comparer les résultats avec des écouvillons des voies aériennes supérieures. L'étude a inclus 110 adultes entre avril et juin 2020, dont 61 femmes, et 80% hospitalisés à la présentation.

Cet échantillon a donné 145 paires d'écouvillons des voies aériennes supérieures et d'échantillons de salive, 110 étant prélevés au moment du diagnostic, 14 échantillons de suivi le jour 2 et 6 le jour de suivi 7. Seuls 15 participants se sont présentés le jour 28, au moment où l'étude s'est terminée.

Sur le nombre total d'échantillons, il y avait 19 voies aériennes supérieures et 19 échantillons positifs de salive. Un plus grand nombre des échantillons positifs provenaient des écouvillonnages des jours 2 et 7, mais la différence par rapport aux échantillons du jour 28 n'était pas significative. Les charges virales pour la salive et les écouvillons des voies respiratoires supérieures variaient de 36 à 5,4 x 107 copies / ml. Cependant, les charges virales pour la salive et les écouvillons des voies aériennes supérieures étaient convenues dans chaque paire.

Parmi les écouvillons des voies aériennes supérieures, 13/110 étaient positifs au jour 0, mais 4/14 et 4/6 au jour 2 et au jour 7, respectivement. Avec la salive, il y avait 11/110 positifs au jour 0, 5/14 au jour 2 et 4/6 au jour 7. Un échantillon salivaire était positif au jour 28, sur 15, mais aucun des écouvillons des voies respiratoires supérieures.

Comment les échantillons appariés étaient-ils d'accord?

Il y avait 23 positifs parmi les 145 échantillons appariés, dont 17 paires étaient positives. Trois chacun étaient positifs pour l'écouvillon de la salive seulement ou l'écouvillon des voies aériennes supérieures seulement.

Lorsque les résultats sont examinés plus en détail, sur 110 échantillons salivaires prélevés au jour 0, 12 étaient positifs et 98 négatifs. Sur les 12 positifs, 12 avaient également un écouvillon positif des voies aériennes supérieures. Sur les 98 négatifs, l'écouvillon des voies aériennes supérieures était positif dans 2. Ainsi, les écouvillons des voies aériennes supérieures étaient positifs dans 14/110 cas et négatifs dans 96 cas. Il y a eu 2 résultats discordants.

Dans les échantillons de suivi aux jours 2, 7 et 28, il y avait 8/35 positifs parmi les échantillons salivaires et 27 négatifs. Des écouvillons des voies aériennes supérieures, 6/35 étaient positifs et 29 négatifs. Il y avait 5 écouvillons positifs montrant un accord avec les échantillons de salive et 1 écouvillon positif en désaccord. Parmi les écouvillons négatifs des voies aériennes supérieures, 3 et 26 étaient respectivement en accord et en désaccord avec les résultats des échantillons de salive. Ainsi, quatre écouvillons et échantillons salivaires de suivi étaient en discordance.

Les charges virales étaient faibles, inférieures à 10 copies / ml dans tous les cas où la salive était positive et l'écouvillon négatif. Les chercheurs attribuent cela à la plus grande dilution dans le milieu de transport. Le sourcing des échantillons d'individus qui avaient déjà été testés positifs lors de la présentation montre que ces salivaires positifs sont de vrais positifs. La salive est donc une source d'échantillonnage plus fiable au fil du temps. Cette constatation concorde avec les études antérieures sur une sensibilité plus élevée à la salive et une positivité à plus long terme.

Les échantillons de salive négative dans les échantillons discordants pourraient être dus aux différentes méthodes de traitement, la salive subissant des cycles de congélation-décongélation, ce qui pourrait réduire la qualité de l'ARN.

Les implications

Les chercheurs concluent: «Dans l'ensemble, la salive avait un bon accord avec les tampons NT pendant l'hospitalisation (J0, J2 et J7) et après la récupération (J28).» Les avantages de la collecte de salive sont évidents, notamment la facilité d'échantillonnage, une meilleure acceptabilité et l'indépendance des compétences ou de la technique de l'opérateur. L'inconvénient est la nature plus mélangée de la salive en raison des nombreux contaminants possibles de la nourriture, du dentifrice ou du mucus craché, pour n'en nommer que quelques-uns.

D'autres études montreront comment la charge virale salivaire varie en fonction des différentes conditions de stockage et de transport lorsque les liquides de conservation ne sont pas utilisés. L'utilisation la plus importante de cette méthode d'échantillonnage peut être dans les milieux à faibles ressources où le nombre de cas continue d'augmenter, ainsi que pour le diagnostic des jeunes enfants et dans les tests répétés des patients lorsque cela est nécessaire. Des recherches urgentes sont nécessaires pour établir la validité de cette méthode et lui permettre d'être proposée dans des laboratoires certifiés à usage clinique.

*Avis important

medRxiv publie des rapports scientifiques préliminaires qui ne sont pas évalués par des pairs et, par conséquent, ne doivent pas être considérés comme concluants, orienter la pratique clinique / les comportements liés à la santé, ou traités comme des informations établies.

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